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轉(zhuǎn)錄組是特定物種、組織或細(xì)胞在特定生理狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄的所有 RNA 的集合，包括 mRNA 和 ncRNA, 其中 lncRNA（long non-coding RNA）是一類(lèi)長(zhǎng)度超過(guò) 200nt 的 ncRNA，通過(guò)多種方式在表觀(guān)遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮調(diào)控作用。全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在研究 mRNA 的同時(shí)，能夠發(fā)現(xiàn)大量的 lncRNA，并對(duì)其表達(dá)水平和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。當(dāng)進(jìn)一步開(kāi)展 lncRNA 與 mRNA 的關(guān)聯(lián)分析時(shí)，就可以深入研究 lncRNA 的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
樣本處理： 超過(guò) 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗(yàn)；易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案；
文庫(kù)構(gòu)建： 兼容組織、細(xì)胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫(kù)能力；
質(zhì)控管理：ISO9001 認(rèn)證，Illumina CSPro 認(rèn)證；
數(shù)據(jù)分析： 學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法和流程；針對(duì) mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析；靈活的定制分析。
樣本類(lèi)型：total RNA
樣本總量：≥2μg
樣本濃度：≥50 ng/ul
案例一
肝細(xì)胞癌（HCC）是人類(lèi)惡性腫瘤常見(jiàn)且具侵襲性的疾病之一。HCC 細(xì)胞會(huì)侵入靜脈系統(tǒng)，進(jìn)而引發(fā)門(mén)靜脈腫瘤血栓疾病 PVTT。有研究表明 lncRNA 與 HCC 的發(fā)生相關(guān)，但目前缺乏 lncRNA 與 HCC 轉(zhuǎn)移機(jī)制的關(guān)聯(lián)綜合分析。
清華大學(xué)聯(lián)合上海東方肝膽醫(yī)院對(duì) 20 個(gè)肝癌病人的 60 個(gè)臨床樣本進(jìn)行了 RNA-Seq 分析，共鑒定到了 8603 個(gè)新的 lncRNA。其中 917 個(gè) lncRNA 在 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)以及發(fā)表的肝癌數(shù)據(jù)庫(kù)中找到相關(guān)信息，235 個(gè) lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。利用統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法對(duì)腫瘤與 PVTT 的 lncRNA 表達(dá)模式進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，原發(fā)灶的 lncRNA 和正常組織相比表達(dá)量遠(yuǎn)比轉(zhuǎn)移組織 lncRNA 的差異大得多，且與 lncRNA 共表達(dá)的基因大多富集在細(xì)胞粘著、免疫反應(yīng)以及代謝過(guò)程等通路上。研究人員通過(guò)對(duì)肝癌細(xì)胞的 lncRNA 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，CNV 分析及甲基化檢測(cè)，確認(rèn)了在肝癌細(xì)胞中新的 lncRNA 同樣具有作為生物標(biāo)志物的潛在價(jià)值。
Yang Yang, Chen Lei, Gu Jin et al. Recurrently deregulated lncRNAs in hepatocellular carcinoma.[J] .Nat Commun, 2017, 8:14421.
案例二
哺乳動(dòng)物基因組中包含有約 23,000 個(gè)編碼基因，對(duì)這些相對(duì)有限的蛋白編碼基因進(jìn)行選擇性剪切，能夠確保生成數(shù)量上至少 10 倍以上的蛋白質(zhì)。通過(guò)改變 RNA 轉(zhuǎn)錄物的加工方式，將轉(zhuǎn)錄物的每個(gè)蛋白質(zhì)編碼部分或是剪除或是留下，形成了不同的成熟信使 RNAs，也就是進(jìn)行選擇性剪切可導(dǎo)致蛋白質(zhì)的多樣性。因此，一個(gè)基因可以以一種組織特異性或發(fā)育階段特異性的方式生成多個(gè)蛋白質(zhì)變異體（異構(gòu)體）。了解腫瘤發(fā)生過(guò)程中的剪接因子及其剪接事件將有助于研發(fā)新的靶向治療方法。
研究人員采取傳統(tǒng)的反向遺傳學(xué)研究思路，首先對(duì)臨床肝癌病人的生存率和 mbnl3 表達(dá)量進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析。對(duì) MBNL3 在肝癌細(xì)胞中的表達(dá)機(jī)制進(jìn)行研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn)肝癌細(xì)胞系以及臨床樣本中 MBNL3 的高表達(dá)是由 OCT4，SOX2 以及 NANOG 這三個(gè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的。對(duì) MBNL3 的表型進(jìn)行研究，結(jié)果顯示 MBNL3 敲降的肝癌細(xì)胞系癌細(xì)胞的生長(zhǎng)顯著受到抑制。利用 RNA-seq 等技術(shù)對(duì) MBNL3 調(diào)控肝癌發(fā)生的具體分子機(jī)制進(jìn)行了深入研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn) MBNL3 的過(guò)表達(dá)會(huì)導(dǎo)致 lncRNA-PXN-AS1 第四個(gè)外顯子顯著富集，lncRNA-PXN-AS1 不同的剪切體 PXN-AS1- L 以及 PXN-AS1- S 對(duì) PXN 具有相反的調(diào)控作用。該研究從性狀到基因定位，再到表型觀(guān)察繼而分子機(jī)制研究，完美地詮釋了反向遺傳學(xué)研究的精髓。
Yuan Ji-Hang, Liu Xiao-Ning, Wang Tian-Tian et al. The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1.[J] .Nat. Cell Biol., 2017, 19: 820-832.
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