截止今日，02 月以 DNA?methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 543 篇，小編挑出以下 6 篇作為重點分享內容。這 6 篇文章主要面對臨床疾病與癌癥方向，包括多組學 DNA 甲基化圖譜的揭示、疾病的甲基化分型與癌癥早篩等研究。小編在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 02 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>10。
文章展示
標題：精神分裂癥和相關疾病的表觀遺傳修飾：環境暴露的分子疤痕和表型變異的來源（綜述）
時間：2021/02
單位：蘇黎世大學
期刊：Biol?Psychiatry（IF?12.095）
摘要：現在，人們越來越多的認識到表觀遺傳修飾在精神分裂癥和其他精神疾病的病因以及病理生理中起著重要作用。這篇綜述中，作者總結了精神分裂癥和相關疾病模型中表觀遺傳學改變的臨床和臨床前發現，并對其起源進行了討論。近期的發現表明，某些精神分裂癥危險基因座可通過表觀遺傳過程影響基因表達的隨機變異，突顯了遺傳和表觀遺傳控制神經發育軌跡之間的復雜相互作用。此外，精神分裂癥和相關疾病的表觀遺傳學改變中的很大一部分可能是通過環境因素獲得的，并可能形成為分子“疤痕”。這些疤痕中可能有一部分會影響整個生命周期中的大腦功能，甚至可能通過表觀遺傳的種系遺傳傳給幾代人。表觀遺傳修飾，無論是由遺傳還是環境因素引起的，都是導致表型異質性的合理的分子來源，并為臨床治療干預提供了目標。因此，表觀遺傳修飾的進一步闡明可以增加我們對精神分裂癥異質病因和病理生理的了解，并且從長遠來看，可以通過使用生物標志物指導的表觀遺傳干預來推進個性化治療。
標題：骨骼肌發育中的表觀基因組圖譜的揭示
時間：2021/02/22
單位：中國農業科學院深圳農業基因組研究所
期刊：Nucleic?Acids?Res（IF?11.501）
平臺：WGBS、ATAC-seq、CHIP-seq、RNA-seq
摘要：DNA 甲基化對于基因表達的表觀遺傳調控很重要，并且在哺乳動物發育中起關鍵作用。然而，在骨骼肌發育中全基因組 DNA 甲基化的動態調節仍是未知之數。在這里，作者使用了 27 個不同發育階段的豬骨骼肌的揭示 DNA 甲基化組和轉錄組圖譜。從胚胎到成熟過程中，總體甲基化水平降低，這與 DNMT1 的表達下調和部分甲基化結構域的增加高度相關。值得注意的是，作者鑒定到超過 40000 個發育差異甲基化的 CpG（dDMC），它們重構了骨骼肌的發育軌跡，并與肌肉發育基因和轉錄因子（TF）相關。dDMC 在啟動子調控區域中的表達明顯不足，但在增強子組蛋白標記和染色質可及區域中卻非常豐富。綜合分析揭示了骨骼肌發育過程中與肌肉收縮和胰島素信號傳導相關的基因中啟動子和基因體甲基化呈現負調控。從機制上講，DNA 甲基化通過調節上游肌肉發生 TF 結合的可及性來影響肌肉相關基因的表達，表明 DNA 甲基化 /?SP1?/?IGF2BP3 軸參與了骨骼肌的發生。作者的結果主要揭示了骨骼肌發育中動態 DNA 甲基化的功能和調控形式。
標題：具有 SMARCA4 突變的非典型性類畸胎 / 類人瘤（ATRT）與 SMARCB1 缺陷病例的差異
時間：2021/02
單位：德國漢堡 - 埃彭多夫大學醫學中心
期刊：Acta?Neuropathol（IF?14.251）
平臺：450K、850K、RNA-seq
背景：非典型性類畸形 / 類人瘤（ATRT）是兒童中樞神經系統的惡性腫瘤。潛在的遺傳病因是 SMARCB1 中或 SMARCA4 中的雙等位基因突變失活。與 SMARCB1 突變病例相比，ATRT-SMARCA4 與高的種系突變頻率，年齡更年輕，預后較差有關。根據其 DNA 甲基化譜和轉錄組學，SMARCB1 突變的 ATRT 已分為三個不同的分子亞組：ATRT-TYR，ATRT-SHH 和 ATRT-MYC。這些亞組在診斷時的年齡，腫瘤位置，SMARCB1 改變的類型和總生存率方面存在差異。但是，目前并不清楚 ATRT-SMARCA4 是否屬于所描述的 ATRT 子組之一，人們對其了解較少。這篇文章中，作者通過 DNA 甲基化分析檢查了 14 種 ATRT-SMARCA4。結果顯示，與 SMARCB1 突變的 ATRTs 和其他 SMARCA4 缺陷型腫瘤（如卵巢小鈣癌，高鈣血癥類型（SCCOHT）或 SMARCA4 突變型顱外惡性橫紋肌瘤）分離，它們能夠形成了一個單獨的亞組。相反，具有雜合 SMARCA4 突變的髓母細胞瘤（MB）樣本不會單獨分組，而是聚集在已建立的 MB 亞組。ATRT-SMARCA4 的 RNA 測序結果證實了基于 DNA 甲基化譜分析的聚類結果。總之，作者的結果與以前的臨床觀察一致，ATRT-SMARCA4 應該被視為一個獨特的分子亞組。
標題：基于 DNA 甲基化譜和 SMARCE1 突變對透明細胞腦膜瘤的分型
時間：2021/02
單位：海德堡大學
期刊：Acta?Neuropathol（IF?14.251）
平臺：450K、850K、靶向 DNA 測序、RNA-seq
摘要：透明細胞腦膜瘤是一種罕見的腦膜瘤變體，兒童和青年都會受其影響。盡管已經報道了透明細胞腦膜瘤中存在大量 SMARCE1 基因的功能缺失型突變，但仍缺乏全面的分子研究。這篇文章中，作者之初檢測了 3093 個腦膜瘤隊列（大多數在組織學上被診斷為透明細胞腦膜瘤）的全基因組 DNA 甲基化水平，并定義了其不同的亞型（n?=?31）。同時，該隊列也進一步對另外 11 種經組織學診斷的透明細胞腦膜瘤進行分析（n?=?42）。靶向 DNA 測序揭示了 33/34 個分析樣品中發生 SMARCE1 突變，并經免疫組織化學確定其伴隨著核表達喪失和腫瘤細胞中 SMARCE1 表達的降低。與世界衛生組織 2 級腦膜瘤（n?=?220）相比，透明細胞腦膜瘤組（n?=?14）患者進展或復發時間的分析結果與其相似，說明透明細胞腦膜瘤歸類到世界衛生組織 2 級腦膜瘤。作者的發現表明，透明細胞腦膜瘤存在高度獨特的表觀遺傳學特征，與所有其他腦膜瘤變體不同的是其在 SMARCE1 基因中具有反復突變。這些結果表明透明細胞腦膜瘤可能源于與其他腦膜瘤亞型的不同前體細胞群。
標題：非 CG 甲基化和多種組蛋白譜揭示兒童虐待與免疫及小 GTPase 失調相關
時間：2021/02/18
單位：加拿大蒙特利爾麥吉爾大學
期刊：Nat?Commun（IF?12.121）
平臺：WGBS、RNA-Seq、ChIP-seq??
摘要：早期逆境（ELA）是心理病理學的主要預測指標，被認為可以通過表觀遺傳調控基因組從而增加終身風險。這篇文章中，作者通過檢測側腦杏仁核（情緒穩態的主要大腦部位）的 6 個組蛋白標記和 DNA 甲基化以及轉錄組，揭示具有 ELA 和控制史受試者的基因組中多種調控機制。在健康的大腦組織中，作者首先發現在 CAC 環境中不同組蛋白標記與非 CG 甲基化之間存在相互作用。此外，作者發現 ELA 與正常 CAC 中頻繁發生的甲基化變化相關，并且在 CG 環境中則是如此，而這兩種可塑性形式則發生在截然不同的基因組區域，特征和染色質狀態中。結合這些多個數據表明，在 ELA 個體的杏仁核中，與免疫相關的 GTPase 和小的 GTPase 信號傳導途徑受到抑制的損害。總的來說，這項工作提供了大腦調節中基因組的調控形式，這是早期生活經驗的函數。
標題：全基因組 cfDNA 甲基化分析可提高早期乳腺癌無創診斷成像的準確性
時間：2021/02/19
單位：北京協和醫學院國家癌癥中心
期刊：Mol?Cancer（IF?15.302）
平臺：WGBS?
摘要：早期發現對于提高乳腺癌（BC）患者的結局和生存至關重要。目前，BC 早期檢測主要采用乳房成像報告和數據系統（BI-RADS）分類的乳房 X 線照片和超聲檢查，其假陽性率較高，尤其是在 BI-RADS?4 類患者中會導致不必要的活檢。cfDNA 甲基化檢測已經成為一種重要的非侵入性癌癥檢測方法。這篇文章中，作者通過使用 WGBS 數據進行前瞻性多中心研究，以確定 203 位可能患有惡性乳腺癌的女性患者的 cfDNA 甲基化標記物的臨床應用。作者首先使用機器學習挖掘出乳腺癌中的 cfDNA 甲基化標記物，基于 cfDNA 甲基化標記物構建的模型能夠顯著改善 BI-RADS?4 類患者的早期診斷能力（AUC 從 0.78-0.79 增至 0.93-0.94）。作為一項驗證性研究，作者通過血液的全基因組 DNA 甲基化檢測，以單堿基分辨率從良性腫瘤中篩查乳腺癌樣本。這項研究將液體活檢與傳統診斷成像相結合，不僅能夠降低早期篩查的假陽性率且能夠避免不必要的傷害，因此基于 cfDNA 甲基化的液體活檢技術有利于改善當前的臨床實踐。
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