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轉眼 11 月已經過去，又到了小編為大家分享 DNA 甲基化新研究成果的時候了~ 11 月以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 570 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點分享內容。主要通過 450K、850K 或聯合其他組學內容研究 T 記憶干細胞、肝癌、神經膠質瘤、哮喘、阿茲海默癥以及創傷后應激障礙中 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 11 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>10。

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標題：MEK 抑制劑可將 CD8+ T 淋巴細胞重編程為具有強大抗腫瘤作用的記憶干細胞

時間：2020/11/23 

單位：喬治敦大學

期刊：Nat Immunol  20.479

平臺：WGBS、MSP、非靶向代謝組、脂質組

摘要：免疫治療中，T 記憶干細胞作用時間長且能產生更強的效應。作者發現，MEK1/ 2 抑制劑（MEKi）能夠誘導具有自我更新能力且多能性和增殖能力增強表型的 TSCM。它可以通過延遲細胞分裂并增強線粒體的生物發生和脂肪酸氧化能力，卻不影響 T 細胞受體介導的活化能力。DNA 甲基化分析顯示，MEKi 誘導的 TSCM 細胞具有和來自健康供體的原始 TSCM 相似的可塑性和基因座特異性特征，并且具有幼稚細胞和中樞記憶 T 細胞的中間特征。體外實驗證明，MEKi 處理的 CD8+ T 細胞具有更強的免疫記憶應答效應。這種方法可以產生對過繼細胞療法具有更高功效的 T 細胞。此外，MEKi 處理的荷瘤小鼠也表現出更強的免疫介導的抗腫瘤作用。總之，作者揭示了 MEKi 可將 CD8+ T 淋巴細胞重編程為具有強大抗腫瘤作用的記憶干細胞。

- 02 - 

標題：全基因組 DNA 甲基化圖譜分析肝癌早期階段表觀遺傳標志物

時間：2020/11/25

單位：西奈山伊坎醫學院

期刊：Hepatology  14.679

平臺：450K

背景：TERT 啟動子的突變是早期肝癌發生的重要標志，但我們對驅動這一過程的分子改變知之甚少。表觀遺傳異常是早期惡性腫瘤中的關鍵事件。因此，作者主要想解釋以下兩個問題：1）分析腫瘤前病變向早期 HCC (eHCC) 轉變過程中的 DNA 甲基化變化，并確定候選的表觀遺傳標志物；2）評估肝硬化組織中甲基化變化的預后潛力。作者使用 Illumina HumanMethylation450 芯片對 390 個樣本進行甲基化譜分析，包括：16 例正常肝組織樣本，139 例肝硬化樣本，8 個非典型性增生結節樣本（包括 6 個低級別和 2 個高級別非典型性增生結節）和 227 個 HCC 組織樣本（43 個為小于 2cm 的小腫瘤（即早期肝癌），184 個為大于 2cm 的腫瘤（即進展期肝癌）。作者從從肝硬化組織到非典型性增生結節直至形成小的 HCC 組織這一過程鑒定出 30 個潛在的表觀遺傳標志基因，并將這些基因啟動子處甲基化與基因表達進行關聯，發現 TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因在甲基化水平和表達之間存在顯著的負相關關聯。這些基因參與 TP53，cAMP，絲氨酸蛋白酶和 NADH 調控途徑。這 4 個基因的甲基化水平異常在兩個外部數據集中也得到了驗證。Kmeans 聚類分析將患者分成 M1 和 M2 兩類，分別包含 55 名和 75 名患者，通過分析兩組患者的生存率數據，發現 M2 類患者的總生存期較短（平均生存期，51.9 個月 vs 60.1 個月），說明癌旁肝硬化組織中的 DNA 甲基化水平具有預測預后的潛力。研究發現正常肝組織和 HCC 之間的差異大。與非惡性組織相比，HCC 樣本在 DNA 甲基化變化方面積累了高的變異性。在正常、肝硬化、非典型性增生和 HCC 之間觀察到的 DNA 甲基化變化梯度可以準確區分肝癌發生過程中的不同組織學階段，并報告了 4 個基因（TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因）可以作為從癌前病變過渡到早期 HCC 的候選新表觀遺傳學標志物。

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標題：生殖細胞驅動的復制修復缺陷型高級神經膠質瘤表現出獨特的低甲基化模式

時間：2020/11

單位：基督城醫院

期刊：Acta Neuropathol  14.251 

平臺：450K、850K

背景：在復制修復缺陷（RRD）相關基因的種系突變的背景下，RRD 導致的過度突變是高級神經膠質瘤（HGG）的重要驅動機制。盡管 HGG 呈現與致癌突變相對應的 DNA 甲基化的特定模式，但在 RRD 腫瘤中尚未對此進行充分研究。作者利用 450K、850K 甲基化陣列分析了 RRD 基因突變背景下產生的 51 個 HGG，并將他們與不明確是否來自 RRD 患者的 HGG 進行比較。RRD HGG 的膠質瘤基因具有繼發性突變如 IDH1 和 H3F3A，并表現出這些甲基化亞群相對應的甲基化模式。缺乏這些已知次級突變的 RRD HGG 與一組先前標記為“Wild type-C”或“Paediatric RTK 1”的未完全描述的 HGG 聚集在一起。對兩個 HGG 隊列的獨立分析顯示，其他 RRD / 超突變腫瘤聚集在這些亞組中，這表明未診斷的 RRD 可能通過該位置驅動某些 HGG 聚集。與其他癌癥中描述的 CpG 島甲基化表型相比，RRD HGG 表現出獨特的 CpG 島去甲基化表型。低甲基化富集于基因啟動子，對細胞存活至關重要的通路（包括細胞周期、基因表達、細胞代謝和組織）中的基因啟動子上主要呈現低甲基化趨勢。這些數據表明，甲基化芯片數據可為 RRD HGG 的檢測提供診斷信息。

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標題：直至 26 歲，出生時的 DNA 甲基化與肺功能的發育有關

時間：2020/11/19

單位：孟菲斯大學

期刊：Eur Respir J  12.339 

平臺：850K、表達譜芯片

背景：關于出生時 CpG 位點的 DNA 甲基化是否預測肺功能發育模式知之甚少。作者使用 IOWBC-F1 隊列親本的的足跟刺干血斑 DNA 甲基化數據尋找與肺功能相關的 CpG 位點。首先，作者使用臍帶血重復了 ALSPAC 隊列中的的 DNA 甲基化數據，主要針對 8、15 和 24 歲的肺功能，在 IOWBC-F1 隊列中對 396 名男孩和 390 名女孩的肺功能進行了全基因組篩選。參與發育過程的 GLUL，MYCN，HLX，LHX1，COBL，COL18A1，STRA6 和 WNT11 在 IOWBC-F1 和 ALSPAC 中沿相同方向與肺功能顯著相關，并在出生時，IOWBC-F1 隊列中的強肺功能和弱肺功能人群在 10 歲和 18 歲時表現出穩定的模式。在 IOWBC-F2 隊列中，LHX1 和 COL18A1 上的 CpGs 與基因表達相關。在兩個大隊列中，新生 DNA 甲基化與青春期和成年早期的肺功能模式有關，這為預防不良肺功能發展提供了方向。

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標題：額葉前額葉皮層 DNA 甲基化差異的表觀基因組全薈萃分析提示了阿爾茨海默氏病的免疫過程

時間：2020/11/30

單位：邁阿密大學

期刊：Nat Commun  12.121 

平臺：450K

摘要：阿爾茨海默氏病（AD）中的 DNA 甲基化差異已有報道。在這里，作者對 1000 多個前額葉皮層腦樣本進行了薈萃分析，以區分多個隊列中一致的甲基化差異。作者通過使用統一的分析方法，確定了 3751 個 CpG 和 119 個與 Braak 階段顯著相關的差異甲基化區域（DMR）。作者的分析確定了甲基化差異基因，例如 MAMSTR，AGAP2 和 AZU1，并確定重要的 DMR 位于編碼刺激 MEF2C 輔因子的 MAMSTR 上。值得注意的是，MEF2C 可以與另一個 AD 基因網絡的中心轉錄因子 PU.1 協同作用。作者的富集分析強調了免疫系統和 polycomb repressive complex 2 在病理性 AD 中的潛在作用。這些結果可能有助于促進未來進一步研究 AD 機制和生物標志物。

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標題：對 10 個軍事和民用人群進行 PTSD 的表觀基因組薈萃分析，確定 AHRR 的甲基化水平發生改變

時間：2020/11/24

單位：美國亞特蘭大埃默里大學

期刊：Nat Commun  12.121

平臺：450K、非靶向代謝組

摘要：創傷后應激障礙（PTSD）的特點是重新體驗、回避和過度狂熱的癥狀，可以對情緒和生理健康產生負面影響。雖然不是每個經歷過創傷的人都會發展成創傷后應激障礙，但那些經歷過創傷的人往往會出現嚴重的致殘癥狀。研究表明，遺傳和環境因素都會導致患創傷后應激障礙的風險。表觀遺傳學差異可能有助于區分創傷后應激障礙（PTSD）病例和創傷暴露對照組。在此，研究人員描述了迄今為止大的 PTSD DNA 甲基化薈萃分析的結果。該研究包含了 10 個軍隊和平民隊列，囊括了來自 1,896 個 PTSD 病例和創傷暴露對照的血源 DNA 甲基化數據。進行多次比較調整后，芳烴受體阻遏物（AHRR）中的四個 CpG 位點與 PTSD 相關，與對照組相比，PTSD 病例的 DNA 甲基化程度較低。盡管已知 AHRR 甲基化與吸煙有關，但是在非吸煙者中 AHRR 與 PTSD 的聯系明顯，說明該結果與吸煙狀況無關。代謝組學數據的評估顯示，AHRR 甲基化與犬尿氨酸水平相關，而犬尿氨酸水平在 PTSD 受試者中較低。該研究支持 PTSD 患者中的表觀遺傳學差異，并提示犬尿氨酸的降低是導致 PTSD 免疫失調的一個因素。

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