【標題】譜系分析揭示內胚層對脊椎動物垂體發育的貢獻

【平臺】10X，

【期刊】Science（IF=41）

【時間】2020-10-22

【摘要】脊椎動物的感覺器官來自稱為 placodes 的上皮增厚。與神經嵴細胞一起，顱底 placodes 被認為是促使脊椎動物頭部進化的外胚層新現象。前面的 placodes 產生垂體的內分泌葉 [腺垂體（ADH）]，它是控制生長，代謝和繁殖的主腺。除了已知的外胚層貢獻，研究者在斑馬魚中使用譜系追蹤和延時成像來確定內胚層對 ADH 的貢獻。成年垂體的單細胞 RNA 測序顯示內胚層和外胚層上皮具有相似的能力，可以產生所有內分泌細胞類型。此外，在幾乎沒有外胚層作用的情況下，內胚層可以產生基本的 ADH 樣結構。魚的情況支持脊椎動物的垂體通過祖先的內胚層原始垂體與新進化的扁平外胚層的相互作用而產生。

【標題】通過共享的單細胞 RNA 和染色質譜檢測染色質潛力

【平臺】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-10-24

【摘要】細胞分化和功能收到多層次的基因調控，包括通過染色質可及性的改變來調控基因表達。然而，分化是一個不同步的過程，從而對導致細胞命運方向的調控事件的理解變得困難。本文中，研究者建立了一種能夠在單細胞中同時高通量的檢測基因表達和染色質可及性的方法 SHARE-seq，他適用于不同的組織。研究者使用小鼠皮膚的 34774 個節理剖面，開發了一種計算方法，用于鑒定順式 - 調控相互作用，且將與超級增強子顯著重疊的區域定義為調控染色質域（DORC)。從發育上看，DORC 處的染色質可及性早于基因表達，這表明染色質可及性的變化可能會引發細胞發育方向。研究者通過計算推斷出染色質的潛力，將其作為染色質 lineage-priming 的定量測量并用于預測細胞命運。SHARE-seq 是一個可研究組織中不同細胞之間的調節回路的擴展性平臺。

【標題】RNA 時間戳識別測序中的 RNA 年齡

【平臺】10X

【期刊】Nat Biotechnol（IF=31.86）

【時間】2020-10-19

【摘要】目前的單細胞 RNA 測序的方法只能提供有限的信息的動態基因表達。本文中，研究者提供了 RNA 時間戳，一種利用 RNA 編輯推斷 RNA seq 數據中單個 RNA 年齡的方法。通過引入時間戳，研究者用一個報告 motif 對 RNA 進行標記，該報告 motif 由多個 MS2 結合位點組成，該結合位點招募集與 MS2 衣殼蛋白上的腺苷脫氨酶 ADAR2。ADAR2 與標記的 RNA 結合會導致 A -to- I 編輯隨著時間積累，從而可以小時刻度精度推斷出 RNA 的年齡。通過結合同一啟動子驅動下多個帶有時間戳 RNA 的觀察，研究者可以確定啟動子何時激活。他們證明該系統可以推斷多個過去的轉錄事件的存在和時間。研究者根據過去的轉錄活性的時間，將該方法用于單個細胞的聚類。RNA 時間戳將允許將時間信息合并到 RNA-seq 工作流程中。

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