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轉眼 9 月已經過去，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的新研究成果，截止現在，9 月以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 603 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點分享，主要通過 850K 和 WGBS 研究二型糖尿病、神經膠質瘤、神經節旁瘤、亨廷頓舞蹈癥、上皮星形細胞瘤、吸煙對機體 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 9 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>10。
標題：Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-na?ve patients with type 2 diabetes
未接受過藥物治療的 2 型糖尿病患者中與二甲雙胍反應和不耐受相關的表觀遺傳標記
時間：2020/9/16
單位：瑞典斯坎尼亞大學
期刊：Sci Transl Med 16.304
平臺：850K
摘要：
二甲雙胍是用于治療 2 型糖尿病（T2D）的一種藥物療法。但是，許多 T2D 患者對二甲雙胍的反應或耐受性都不佳。當前，沒有能夠成功預測對二甲雙胍的血糖反應或耐受性的表型。作者通過分析未確診的 T2D 患者在診斷時的全基因組 DNA 甲基化，探索基于血液的表觀遺傳標記是否可以區分二甲雙胍反應和耐受性。在測試人群中，血糖反應者 / 無反應者和二甲雙胍耐受 / 不耐受的患者分別有 11 和 4 個位點的 DNA 甲基化不同。這些位點的甲基化程度較高，對二甲雙胍無反應或不耐受的風險較高，且甲基化程度的比值比在 1.43 至 3.09 之間。血糖反應者和無反應者的 11 個已鑒定位點的甲基化風險評分（MRS）有所不同，曲線下面積（AUC）為 0.80 至 0.98。二甲雙胍不耐受相關的 4 個位點的 MRS 產生的 AUC 為 0.85 至 0.93。這些基于血液的甲基化標記中反映了部分脂肪組織（糖尿病發病機理中的關鍵組織）的表觀遺傳模式，并且這些甲基化標記被注釋為具有改變二甲雙胍相關表型的肝細胞生物學功能的基因。總體而言，作者通過在未經藥物治療的 T2D 患者中檢測血源性表觀遺傳標記，從而在診斷時區分血糖反應者 / 非反應者和受試者對二甲雙胍耐受 / 不耐受。可以進一步開發這種基于表觀遺傳學的工具，以幫助患有 T2D 的患者接受治療。
標題：Germline-driven replication repair-deficient high-grade gliomas exhibit unique hypomethylation patterns
生殖細胞驅動的復制修復缺陷型高級神經膠質瘤表現出獨特的低甲基化模式
時間：2020/9/8
單位：基督城醫院
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平臺：450K 芯片、850K 芯片
摘要：
盡管高級神經膠質瘤（HGG）呈現出與致癌突變相對應的 DNA 甲基化的特定模式，但在復制修復缺陷型腫瘤中尚未對此進行深入研究。作者利用 450 k 或 850 k 分析了復制修復缺陷（RRD）背景下的 51 個 HGG，并將這些與 HRG 進行比較。在神經膠質瘤基因（如 IDH1 和 H3F3A）中具有次級突變的 RRD HGG 顯示出與這些甲基化亞型相對應的甲基化模式。對兩個比較集 HGG 隊列的獨立分析顯示，其他 RRD / 超突變腫瘤聚集在這些亞組中，這些結果表明未診斷的 RRD 可能正在此位置驅動某些 HGG 聚集。與其他癌癥中描述的 CpG 島甲基化表型相反，RRD HGG 顯示出獨特的 CpG 島甲基化表型。次級甲基化富集結果位于基因啟動子區域，在對細胞存活至關重要的基因和途徑（包括細胞周期，基因表達，細胞代謝和組織）中具有顯著的去甲基化作用。這些數據表明，甲基化陣列可為 RRD HGG 的檢測提供診斷信息。
標題：The immunohistochemical, DNA methylation, and chromosomal copy number profile of cauda equina paraganglioma is distinct from extra-spinal paraganglioma
神經節旁瘤的免疫組織化學，DNA 甲基化和染色體拷貝數特征與脊柱外神經節瘤不同
時間：2020/9/6
單位：加利福尼亞大學舊金山分校
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平臺：850K 芯片
摘要：
神經節旁瘤是自主神經系統的神經內分泌腫瘤，其臨床功能各不相同，并且具有轉移的潛力。遺傳綜合征的發生率高達 40%， 常見的原因是琥珀酸脫氫酶（SDHx）基因的種系突變。在免疫組織化學上，副神經節瘤的特征是 GATA3 陽性和細胞角蛋白陰性，在大多數遺傳病例中 SDHB 表達喪失。相比之下，馬尾區（CEP）或 FI 末端區域中罕見的神經節旁瘤已被證明是激素沉默的，臨床上具有惰性，且具有可變的角蛋白表達，表明這些腫瘤可能代表了單獨的病理實體。作者對 11 位男性和 6 位女性患者的 17 個 CEP 進行了回顧性評估，中位年齡為 38 歲（范圍 21-82），沒有神經內分泌瘤的家族史。17 種腫瘤中有 6 種表現出明顯的神經節細胞或神經節神經瘤分化。通過免疫組織化學，沒有一個 CEPs 顯示出 GATA3 陽性或 SDHB 染色消失。所有 17 個 CEP 均為細胞角蛋白陽性。對 12 個腫瘤進行了全基因組 DNA 甲基化分析，并與可公開獲得的全基因組 DNA 甲基化數據進行了比較。聚類分析表明，CEPs 形成了一個獨特的表觀遺傳組，與脊柱外部位的神經節旁瘤，嗜鉻細胞瘤和其他神經內分泌腫瘤分開。拷貝數分析顯示大多數 CEP 中存在二倍體基因組，而椎旁神經節瘤大多為非整倍體。這些發現表明，CEP 可能代表一個獨特的實體，但需要進一步的基因組研究來進一步闡明這些腫瘤的分子發病機理。
標題：DNA methylation study of Huntington's disease and motor progression in patients and in animal models
患者和動物模型中亨廷頓舞蹈病和運動進展的 DNA 甲基化研究
時間：2020/9/10
單位：加利福尼亞大學洛杉磯分校
期刊：Nat Commun 12.121
平臺：850K 芯片、RRBS
摘要：
雖然亨廷頓舞蹈病（HD）在孟德爾遺傳病中已經研究的很深入，但其相關的表觀遺傳學的改變還不清楚。這篇文章中，作者研究了來自小鼠亨廷頓（Htt）基因敲入模型、轉基因 HTT 綿羊模型和人，這 3 個物種中 6 個不同組織中的 DNA 甲基化水平。作者對人類血液的表觀基因組范圍的關聯研究（EWAS）顯示，HD 突變狀態與 33 個 CpG 位點顯著相關（p <10 -7），其中包括 HTT 基因（p = 6.5×10 -26）。在 Q175 Htt 敲入小鼠模型中 Htt / HTT 關聯性為 p = 6.0×10-8，轉基因綿羊模型中關聯性為 p = 2.4×10 -88。作者基于多種臨床數據提供了一種在多個顯現 HD 病例中評價 HD 不同階段的方法。在顯現 HD 的病例中，EWAS 結果顯示 HD 病例與鄰近 PEX14（p = 9.3×10 -9），GRIK4（p = 3.0×10 -8）和 COX4I2（p = 6.5×10 -8）三個位點的甲基化水平表現出顯著的關聯（p <10 -7）。這些結果表明，在三種哺乳動物中都存在 HD 能夠顯著改變 DNA 甲基化水平。
標題：A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes
全血 EWAS 的細胞類型反褶積薈萃分析揭示了譜系特異性吸煙相關的 DNA 甲基化變化
時間：2020/9/22
單位：中國科學院上海營養與健康研究所
期刊：Nat Commun 12.121
平臺：850K、GEO 數據庫
摘要：
許多表觀基因組廣泛關聯研究（EWAS）報道了全血中與吸煙相關的 DNA 甲基化高度可復制。這些表觀遺傳學改變可能對理解和預測吸煙相關疾病的風險具有重要意義。為此，重要的是確定這些 DNA 甲基化變化是否在所有血細胞亞型中發生或它們是否是細胞類型特異性的。在這里，作者應用細胞類型反卷積算法來識別七個大型 EWAS 中的細胞類型特異性 DNA 甲基化信號。作者發現，大多數高度可復制的與吸煙相關的低甲基化信號在髓系中更為突出。薈萃分析進一步確定了與髓樣特異性吸煙相關的甲基化特征，該特征在急性髓樣白血病中富含 DNase 敏感位點。
標題：Pilocytic astrocytoma demethylation and transcriptional landscapes link bZIP transcription factors to immune response
毛細胞星形細胞瘤脫甲基和轉錄環境將 bZIP 轉錄因子與免疫反應聯系起來
時間：2020/9/29
單位：德國海德堡癌癥研究中心
期刊：Neuro Oncol 10.247
平臺：WGBS
摘要：
上皮星形細胞瘤（PA）是常見的小兒腦腫瘤。盡管對基因組和轉錄組的情況進行了充分的研究，但缺乏完整的甲基化組，腫瘤細胞組成和免疫浸潤的數據。作者檢測了 9 個 PA 和 16 個對照樣品的全基因組亞硫酸氫鹽序列（WGBS）數據，并整合了 154 個 PA 和 57 個對照甲基化陣列數據。使用 49 個 PA 和 11 個對照樣品的 RNA 序列數據以及 248 個 PA 和 28 個對照的基因表達陣列來評估轉錄活性。部分甲基化結構域的 DNA 甲基化模式表明，在腫瘤發生過程中，甲基化組具有很高的穩定性。使用甲基化芯片數據比較了腫瘤和下，上鞘膜上位置的對照組織，發現了位點特異性的模式。WGBS 數據的分析顯示，與對照組織相比，PA 中有 9381 個顯著差異的甲基化區域（DMR）。發現五個不同的 TF 家族的增強子和轉錄因子（TF）家族富含 DMR。甲基化以及基于基因表達數據的計算機組織反卷積分析表明 PA 中免疫細胞浸潤具有顯著變化。TF 網絡分析表明，bZIP 轉錄因子與參與免疫相關過程的基因之間存在調節關系。作者為局部甲基化差異和差異基因表達與免疫浸潤之間的聯系提供了證據。
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