胃腸道腫瘤是常見和主要的惡性腫瘤，包括胃癌、結腸和直腸癌等。胃癌發病有明顯的地域性差別，在我國的西北與東部沿海地區胃癌發病率比南方地區明顯為高。好發年齡在 50 歲以上，男女發病率之比為 2：1。大腸癌是常見的惡性腫瘤，包括結腸癌和直腸癌，近年有向近端（右半結腸）發展的趨勢。其發病與生活方式、遺傳、大腸腺瘤等關系密切。

文章展示

文章一

癌癥類型：結直腸癌

樣本類型：細胞

時間：2019.10.16

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：YAP 的激活對包括結直腸癌在內的癌癥發展至關重要。然而，lncRNAs 的 m6A 修飾是否能在癌癥進展中調節 YAP 的激活尚不清楚。作者通過 RIP 測序，RNA FISH 和免疫熒光共染色法篩選 YAP 相互作用的 lncRNA，研究了 YAP 和 lncRNA GAS5 之間的相互作用。MeRIP-seq 與 lncRNA-seq 用于鑒定 CRC 中 YTHDF3 識別的帶有 m6A 修飾的靶基因。進行功能獲得和功能喪失以分析 GAS5-YAP-YTHDF3 軸在體外和體內 CRC 進展中的功能。GAS5 與 YAP 的 WW 結構域直接相互作用，促進內源性 YAP 從細胞核轉移到細胞質，并促進 YAP 的磷酸化和隨后泛素介導的降解，從而在體外和體內抑制 CRC 進程。值得注意的是，證明了 m6A reader YTHDF3 不僅是 YAP 通路的新靶點，而且是 YAP 信號轉導的關鍵參與者，lncRNA GAS5 的 m6A 修飾通過 YTHDF3 識別促進了其降解，這為 CRC 進展提供了新的見解。在臨床上，CRC 患者的腫瘤中 lncRNA GAS5 表達與 YAP 和 YTHDF3 蛋白水平呈負相關。本研究揭示了 lncRNA GAS5-YAP-YTHDF3 軸的負功能環，并確定了在 CRC 進展過程中 GAS5 的 m6A 修飾誘導了 YAP 信號衰減的新機制，這可能為 CRC 治療提供了有希望的方法。

doi: 10.1186/s12943-019-1079-y.

文章二

癌癥類型：胃癌

樣本類型：外周血  

時間：2020.2.1

雜志：Clin Chem. 7.292

摘要：本研究旨在評估 m6A 水平作為胃癌（GC）診斷的生物標志物。作者收集 100 例胃癌患者、30 例良性胃病（BGD) 患者和 75 例健康對照者的外周血。通過檢測 total RNA 中 m6A 水平和 m6A 相關蛋白的表達水平。與 BGD、HC 組相比，GC 組外周血中 total RNA 的 m6A 水平明顯升高。與 HC 組相比，GC 組中 m6A 去甲基酶 ALKBH5 和 FTO 的表達明顯下調。GC 細胞共培養增加了早幼粒細胞（HL-60)、單核細胞（THP-1) 白血病細胞和非致瘤性人外周血 B 淋巴細胞（penge - ebv) 中 RNA m6A 修飾水平。此外，異種移植模型小鼠的外周血中 total RNA 的 m6A 水平升高。在體內和體外，ALKBH5 和 FTO 的表達均降低。外周血 RNA 中 m6A 水平是一種很有前途的胃癌患者非侵入性診斷生物標志物。

doi: 10.1093/clinchem/hvz004.

文章三

癌癥類型：胃腸道腫瘤

樣本類型：組織

時間：2020.7.25

雜志：Theranostics. 8.579

摘要：目前尚不清楚 m6A 在胃腸道（GI）癌癥中的潛在修飾機制。在這里，我們對 GI 癌癥中的 9 種已知的 m6A 相關酶進行了全面的分析。使用了來自 TCGA 和 GEO 的數據，并進行通路富集分析。在 STRING 在線平臺上分析了 m 6 A 相關酶的蛋白質網絡及其相關途徑成員。在 MEGA7 中構建了系統發育樹。m6A 修飾位點由 SRAMP 預測。通過 m6A SNP 分析了 m6A 相關的 SNP 位點。m6A 相關途徑成員的調控方式已通過 m6A-seq，qPCR 和 MAPK 磷酸化芯片進行了驗證。作者發現胃腸癌中的大多數 m6A 相關調節因子均被上調，它們的差異表達顯著影響了胃腸癌患者的總體生存。發現磷脂酰肌醇 -3- 激酶（PI3K）/ Akt 和哺乳動物雷帕霉素靶標（mTOR）信號通路在包括胃腸道癌在內的大多數人類癌癥中可能受到 m6A 修飾的影響，m6A-seq 和 MAPK 磷酸化芯片證實了這一點。研究表明，m6A RNA 修飾在調節 PI3K / Akt 和 mTOR 信號通路功能中具有重要作用。

doi: 10.7150/thno.42971.  eCollection 2020.

文章四

癌癥類型：胃癌

樣本類型：組織

時間：2019.10.13

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前，m6A 的異常調節在腫瘤上皮 - 間充質轉化（EMT) 和轉移中的作用尚不清楚。采用 qRT-PCR 和免疫組織化學方法評價 METTL3 在胃癌（GC）中的表達。通過體外和體內實驗研究了 METTL3 對胃癌轉移的影響。METTL3 的作用機制通過 MeRIP-seq、MeRIP qRT-PCR、共焦 immunofluorescent 分析、熒光素酶分析、免疫共沉淀、RNA 免疫沉淀反應和染色質免疫沉淀反應進行了探討。METTL3 在胃癌樣本中上調。臨床上，METTL3 水平升高是預后不良的預測因素。在功能上，發現 METTL3 在體外的 EMT 過程和體內的轉移過程中都是必需的。在機制上，初次揭示了 GC 細胞中 METTL3 介導的 m6A 修飾譜，并確定鋅指 mym 型含 1 (ZMYM1) 是 METTL3 真正的 m6A 靶點。METTL3 對 ZMYM1 mRNA 進行 m6A 修飾，依賴于“reader”蛋白 HuR(也稱 ELAVL1) 依賴途徑，增強了其穩定性。此外，ZMYM1 通過招募 CtBP/LSD1/CoREST 復合物結合并介導對 E -cadherin 啟動子的抑制，從而促進 EMT 程序和轉移。總的來說，研究結果表明了 m6A 修飾在胃癌中的重要作用，并發現 METTL3/ZMYM1/E-cadherin 信號通路在胃癌抗轉移策略中是一個潛在的治療靶點。

doi: 10.1186/s12943-019-1065-4.

文章五

癌癥類型：胰腺癌

樣本類型：組織

時間：2020.8.25

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：胰腺癌是人類致命的癌癥之一。m6A 是一種常見的真核 mRNA 修飾，在生理和病理過程中都發揮著重要作用。然而，它在胰腺癌中的作用仍然不明確。作者通過 LC/MS 用于測定胰腺癌和正常組織中 m6A 的水平。利用生物信息學分析、qPCR、免疫組織化學和 western blotting 來確定 m6A 相關酶在胰腺癌中的作用。利用 MeRIP-Seq 和 RNA-Seq 評估 METTL14 的下游靶點。作者發現 m6A 水平在 70% 的胰腺癌樣本中升高。此外，作者證明 METTL14 是調節 m6A 甲基化的主要酶。METTL14 過表達可通過直接靶向下游 PERP mRNA，并以 m6A 依賴的方式在體內外顯著促進胰腺癌細胞的增殖和遷移。m6A 修飾導致胰腺癌細胞內的 PERP mRNA 周轉增加，從而降低了 PERP (mRNA 和蛋白）水平。研究數據提示 METTL14 的上調通過 m6A 修飾導致 PERP 水平下降，促進胰腺癌的生長和轉移，因此，METTL14 是其潛在的治療靶點。

doi: 10.1186/s12943-020-01249-8.

文章六

癌癥類型：結直腸癌

樣本類型：組織 & 細胞

時間：2020.2.1

雜志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前我們對結直腸癌（CRC) 中 m6A 的了解非常有限。作者設計了這項研究來研究 m6A 在 CRC 中的作用。從公共數據庫和組織陣列中提取 METTL14 的表達水平，研究 METTL14 在 CRC 中的臨床相關性。接下來，我們通過過表達 / 基因敲除實驗來定義 METTL14 在 CRC 進展中的作用。同時應用轉錄組測序（RNA-seq) 篩選 METTL14 的潛在靶點。通過 RNA pull-down 和 RIP-seq 實驗驗證了 METTL14 與推測靶點的特異性結合。此外，作者還進行了表型補救實驗和 MeRIP-seq 來揭示其機制。臨床上，METTL14 缺失與 CRC 患者預后不良相關。在功能上，下調 METTL14 可以顯著增強 CRC 細胞的體外增殖和侵襲能力，在體內促進腫瘤的發生和轉移。機制上，RNA-seq 和 Me-RIP 將 lncRNA XIST 識別為 METTL14 的下游靶點。METTL14 的敲除實質上消除了 m6A 水平的 XIST 和增強的 XIST 表達。發現 m6A 甲基化的 XIST 可以被 m6A reader 蛋白 YTHDF2 識別，從而介導 XIST 的降解。在 CRC 組織中，XIST 表達與 METTL14 和 YTHDF2 呈負相關。研究強調了 METTL14 在 CRC 中的功能和預后價值，并加深了對 RNA 表觀遺傳學在癌癥生物學中的重要性的理解。

doi: 10.1186/s12943-020-1146-4.

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