標題：Epigenomic analysis of Parkinson's disease neurons identifies Tet2 loss as neuroprotective

帕金森病變神經元的表觀基因組學分析發現 Tet2 缺失具有神經保護作用

摘要：

帕金森（PD）的發病機制可能涉及某些修飾神經元功能的增強子的表觀遺傳調控。在這里，作者全面檢查了 PD 患者和對照組個體神經元中全基因組增強子的 DNA 甲基化。作者發現在 PD 神經元的增強子上廣泛存在胞嘧啶修飾，部分原因是由于羥甲基化水平升高。其中，TET2 是體內發生胞嘧啶修飾的主要調節因子，PD 患者存在 TET2 的表觀修飾和轉錄上調。而神經元細胞模型中的 TET2 缺失能夠導致胞嘧啶修飾的改變，與 PD 神經元中觀察到的結果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全抑制由先前炎癥引起的黑色素多巴胺能神經元丟失。同時，Tet2 缺失也減弱了對炎癥觸發的轉錄免疫反應。因此，PD 神經元中廣泛失調的增強子的表觀修飾可能有部分是由 TET2 表達上調介導的。Tet2 活性的降低在體內具有神經保護作用，并且可能是 PD 的新治療靶標。

標題：Transcription and DNA Methylation patterns of blood derived CD8 + T cells are associated with age and Inflammatory Bowel Disease but do not predict prognosis

血液中 CD8 + T 細胞的轉錄和 DNA 甲基化模式與患者年齡和炎癥性腸病有關

摘要：

據報道，CD8 + T 細胞的基因表達模式與炎癥性腸病（IBD）成年患者的臨床結局相關。作者從 112 例新診斷為 IBD 的兒童（71 例患有克羅恩病，41 例患有潰瘍性結腸炎）和 19 例無 IBD 的兒童（對照組）中獲取了外周血樣本，并記錄了疾病活動和預后的醫學信息。作者通過磁珠分選從血液樣本中分離出 CD8 + T 細胞，使用 Affymetrix 和 850K 芯片分別檢測全基因組轉錄（n = 192）和 DNA 甲基化（n = 66）數據，并整合了三組 IBD 成年患者和對照人群 CD8 + T 細胞的轉錄組和 DNA 甲基化組公開數據。先前的報道發現，僅在 zuì 初的成人 IBD 隊列中存在 CD8 + T 細胞的預后表達和疲憊特征，然而在兒童或第二個成人 IBD 隊列中都無法檢測到這些特征。此外，在三個隊列中都能檢測到 CD8 + T 細胞基因表達與年齡和性別之間存在關聯。在包括非 IBD 對照的兩個隊列中，CD8 + 基因轉錄與 IBD 顯著相關。作者發現，患有克羅恩氏病的兒童的 CD8 + T 細胞的 DNA 甲基化特征與年齡相關，但與臨床結局無關。作者的研究為 IBD 患者開發預后生物標志物提供了方向。

標題：Analysis of Ugandan cervical carcinomas identifies human papillomavirus clade-specific epigenome and transcriptome landscapes

烏干達地區子宮頸癌的分析確定了人類乳頭瘤病毒進化枝特異性的表觀基因組和轉錄組圖譜

摘要：

宮頸癌是影響撒哈拉以南非洲婦女的常見癌癥，在 HIV 陽性（HIV +）個體中普遍存在。迄今為止，尚未對該人群進行癌癥基因組，轉錄組或表觀基因組的全面分析。作者鑒定了來自烏干達地區 118 例患者的腫瘤，其中 72 例為 HIV +，并對另外 89 例腫瘤進行了突變分析。作者檢測到人類乳頭瘤病毒（HPV）進化枝特異性腫瘤的 DNA 甲基化，啟動子和增強子相關的組蛋白標記以及基因表達和通路失調。HPV 整合后發生的組蛋白修飾的變化與臨近基因和內源性逆轉錄病毒的上調有關。

標題：The methylomic landscape of fallopian tube lesions associated with ovarian high-grade serous carcinoma

與卵巢高級漿液性癌相關的輸卵管病變的甲基化圖譜

摘要：

目前在高級別漿液性卵巢癌（HGSC）的患者中，大多數 HGSC 源自輸卵管的前體漿液性輸卵管上皮內癌（STIC）病變。作者調查了 HGSC 前體病變中的全基因組甲基化，以鑒定表現出高特異性的差異性高甲基化的基因組區域，作為治愈性干預可能存在的 STIC 和 HGSC 的生物標記。作者首先確定了質量控制標準，以便使用 850K 芯片對輸卵管前體病變組織進行甲基組學分析。然后，作者使用該平臺比較了 12 個 STIC 與配對的正常上皮，一個 p53 標記性病變和 2 個同時發生的 HGSC 樣本之間的全基因組甲基化。通過無監督的層次聚類和多維分析來分析所得的甲基化數據。使用選擇性生物信息學標準鑒定了高可信度 STIC 特異性的差異性高甲基化區域，并將其與來自 23 種 HGSC 腫瘤和 11 種健康輸卵管粘膜的甲基化 EPIC 數據進行了比較。無監督的分析表明，STICs 與 HGSCs 大量聚集，但與正常的輸卵管上皮明顯不同。42 個基因組區域顯示出高可信度的 STIC 特異性差異甲基化，其中 17 個（40.5%）與 HGSC 特異性差異甲基化區域直接重疊。在相同位點處的甲基化能夠將 STIC 和 HGSC 樣品與正常和相鄰正常樣品完全區分開。結果表明，大多數 STIC 在表觀遺傳學上與 HGSC 相似，并且具有相同的差異性高甲基化區域，因此有必要進一步評估其是否可以用作早期檢測卵巢 HGSC 的生物標記物。

標題：Regulation of Leaf Longevity by DML3-Mediated DNA Demethylation  

DML3 介導的 DNA 去甲基化對葉片壽命的調節

摘要：

葉片衰老是由衰老相關基因（SAG）的表達驅動的。發育特異性基因通常在其啟動子和其他區域發生 DNA 去甲基化作用，從而調節基因表達。DNA 去甲基化是否以及如何調節 SAGs 的表達，從而調節葉片的衰老的機制仍然不清楚。對野生型（WT）和 demeter-like 3（dml3）擬南芥葉片在三個發育階段的全基因組亞硫酸氫鹽測序（WGBS）分析顯示，與 WT 相比，dml3 葉片衰老過程中的甲基化程度高，并且有 20556 個差異甲基化區域（DMRs）。此外，作者確定了 335 個 DMR 相關基因（DMG）（例如 NAC016 和 SEN1）在葉片衰老過程中被上調，并發現 WT 中 DNA 甲基化水平（特別是在啟動子區域）與相關 SAG 的轉錄本豐度呈負相關。相反，在 dml3 中，SAG 的啟動子被高度甲基化，其轉錄水平顯著降低，并且葉片衰老被顯著延遲。作者的研究揭示了一種新的表觀遺傳調控機制，該機制涉及葉片衰老，其中 DML3 在衰老開始時和衰老過程中表達，通過使啟動子，基因體或 3'UTR 區去甲基化以激活 SAG 的表達，使葉片衰老明顯延遲。

標題：Arabidopsis shoot stem cells display dynamic transcription and DNA methylation patterns 

擬南芥干細胞的動態轉錄和 DNA 甲基化模式

摘要：

在植物中，氣生器官起源于莖尖分生組織中心的干細胞。下表皮干細胞的后代是生殖細胞的祖細胞，產生雄配子和雌配子。在這些細胞中，必須避免突變，包括轉座因子或病毒的插入，以保持世代間的基因組完整性。為了研究擬南芥中干細胞的分子特性，作者分離了它們的細胞核，并分析了不同年齡植物中階段特異性基因表達和 DNA 甲基化。干細胞表達特征在很大程度上取決于發育階段，但包括一組核心的干細胞特異性基因，其中包括與表觀遺傳沉默有關的基因。在開花轉變之前，分生組織中轉座因子的瞬時增加與發育過程中 CHG 甲基化增加和干細胞進入生殖譜系之前的 CHH 甲基化降低有關。這些結果表明表觀遺傳重編程可能在該譜系的早期發生，并可能在種系發育過程中對干細胞的基因組保護做出貢獻。