文章展示
七月份單細胞測序相關文獻共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標題】單細胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細胞層次和受損的發育軌跡
【平臺】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經系統腫瘤的異質實體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內異質性和發育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細胞層級組成，其向神經元 - 神經膠質命運決定分化的三個譜系受損。盡管對室管膜瘤的預后有利的群主要包含分化的細胞，侵襲性的群中未分化的細胞群是豐富的。所描繪的轉錄組特征與患者的存活率相關，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學和臨床行為相關的發育層級。
【標題】人鱗狀細胞癌成分和空間結構的多模態分析
【平臺】10X（基因表達和空間轉錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細胞癌（CSCC) 的細胞組成和結構，研究者將單細胞 RNA 測序與空間轉錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結合。CSCC 有四個腫瘤亞群，三個涵蓋了正常表皮狀態，以及一個腫瘤特異性角質形成細胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環境中。單細胞和空間數據的整合將配體 - 受體網絡映射到特定的細胞類型，揭示了 TSK 細胞是細胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調節細胞（Treg) 與 CD8T 細胞在分隔的腫瘤間質中的共定位。人類腫瘤移植的單細胞鑒定和體內 CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網絡在腫瘤發生中的重要作用。這些數據定義了 CSCC 腫瘤和間質細胞亞群，它們相互作用的空間區位，以及它們參與癌癥的通訊基因網絡。
【標題】自我報告的轉座子可以同時讀出單個細胞中的基因表達和轉錄因子結合。
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-24
【摘要】細胞異質性混淆了轉錄因子（TF) 結合的原位檢測。單細胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細胞類型從基因表達中去卷積，但沒有技術將細胞身份與這些細胞類型中的 TF 結合位點（TFBS) 聯系起來。我們提出了自我報告轉座子（SRT)，并將其用于單細胞名片（SCCC)，這是一種在單細胞中同時測量基因表達和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復 SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時識別這些相同細胞中的細胞類型和 TFBS。研究者使用此技術對多個 TF 進行基準測試。使用 SCCC 在 K562 細胞中發現 BRD4 介導的細胞狀態轉換。研究者在單細胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結合位點，建立了一種原位研究 TF 生物學的新方法。
【標題】單細胞轉錄組譜分析揭示中性粒細胞在穩態和感染中的異質性
【平臺】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細胞異質性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細胞，以提供嗜中性粒細胞在其穩態和細菌感染過程中的成熟，功能和命運決定的全面轉錄情況。通過不同的分子特征定義了八個嗜中性粒細胞群。三個成熟的外周血中性粒細胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細胞亞群。在已知和未表征的轉錄因子的驅動下，嗜中性粒細胞在穿越轉錄環境時逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細胞應答進行精細調節的進化機制。細菌感染可重編程中性粒細胞種群的遺傳結構，改變亞種群和原始中性粒細胞之間的動態過渡，以增強功能，而不會影響整體異質性。總之，這些數據建立了一個參考模型和總體框架，以單細胞分辨率研究嗜中性粒細胞相關疾病的機制，生物標志物和治療靶標。
【標題】單細胞分辨率下拉伸介導的皮膚擴張機制
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應能力已經在重建手術中得到了利用。盡管表皮細胞對拉伸的反應已經在離體中進行了研究，但尚不清楚機械力如何影響它們在體內的行為。本文里，研究者開發了一個小鼠模型，在這個模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細胞分辨率下進行研究。使用克隆分析、定量建模和單細胞 RNA 測序相結合的多學科方法，表明了拉伸通過在表皮干細胞的更新活動中產生瞬時偏差來誘導皮膚擴張，而第二亞群的基底干細胞仍然致力于分化。轉錄和染色質圖譜確定了細胞狀態和基因調控網絡是如何通過伸展來調節的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內以單細胞分辨率控制拉伸介導的組織擴張的逐步機制。
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綜上所述，該研究初次從單細胞水平詳細探討了腸道樣本中不同免疫細胞因免疫治療引起變化的機制，發現了毒性 CD8+ T 細胞，增殖 CD8+ T 細胞以及 CD4+ Treg 細胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細胞大部分來源于 CD8+ Trm 細胞，通過對不同細胞因子的分析識別出了潛在的因免疫檢測點阻斷誘發的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點。
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七月份單細胞測序相關文獻共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標題】單細胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細胞層次和受損的發育軌跡
【平臺】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經系統腫瘤的異質實體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內異質性和發育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細胞層級組成，其向神經元 - 神經膠質命運決定分化的三個譜系受損。盡管對室管膜瘤的預后有利的群主要包含分化的細胞，侵襲性的群中未分化的細胞群是豐富的。所描繪的轉錄組特征與患者的存活率相關，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學和臨床行為相關的發育層級。
【標題】人鱗狀細胞癌成分和空間結構的多模態分析
【平臺】10X（基因表達和空間轉錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細胞癌（CSCC) 的細胞組成和結構，研究者將單細胞 RNA 測序與空間轉錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結合。CSCC 有四個腫瘤亞群，三個涵蓋了正常表皮狀態，以及一個腫瘤特異性角質形成細胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環境中。單細胞和空間數據的整合將配體 - 受體網絡映射到特定的細胞類型，揭示了 TSK 細胞是細胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調節細胞（Treg) 與 CD8T 細胞在分隔的腫瘤間質中的共定位。人類腫瘤移植的單細胞鑒定和體內 CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網絡在腫瘤發生中的重要作用。這些數據定義了 CSCC 腫瘤和間質細胞亞群，它們相互作用的空間區位，以及它們參與癌癥的通訊基因網絡。
【標題】自我報告的轉座子可以同時讀出單個細胞中的基因表達和轉錄因子結合。
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-24
【摘要】細胞異質性混淆了轉錄因子（TF) 結合的原位檢測。單細胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細胞類型從基因表達中去卷積，但沒有技術將細胞身份與這些細胞類型中的 TF 結合位點（TFBS) 聯系起來。我們提出了自我報告轉座子（SRT)，并將其用于單細胞名片（SCCC)，這是一種在單細胞中同時測量基因表達和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復 SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時識別這些相同細胞中的細胞類型和 TFBS。研究者使用此技術對多個 TF 進行基準測試。使用 SCCC 在 K562 細胞中發現 BRD4 介導的細胞狀態轉換。研究者在單細胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結合位點，建立了一種原位研究 TF 生物學的新方法。
【標題】單細胞轉錄組譜分析揭示中性粒細胞在穩態和感染中的異質性
【平臺】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細胞異質性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細胞，以提供嗜中性粒細胞在其穩態和細菌感染過程中的成熟，功能和命運決定的全面轉錄情況。通過不同的分子特征定義了八個嗜中性粒細胞群。三個成熟的外周血中性粒細胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細胞亞群。在已知和未表征的轉錄因子的驅動下，嗜中性粒細胞在穿越轉錄環境時逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細胞應答進行精細調節的進化機制。細菌感染可重編程中性粒細胞種群的遺傳結構，改變亞種群和原始中性粒細胞之間的動態過渡，以增強功能，而不會影響整體異質性。總之，這些數據建立了一個參考模型和總體框架，以單細胞分辨率研究嗜中性粒細胞相關疾病的機制，生物標志物和治療靶標。
【標題】單細胞分辨率下拉伸介導的皮膚擴張機制
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應能力已經在重建手術中得到了利用。盡管表皮細胞對拉伸的反應已經在離體中進行了研究，但尚不清楚機械力如何影響它們在體內的行為。本文里，研究者開發了一個小鼠模型，在這個模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細胞分辨率下進行研究。使用克隆分析、定量建模和單細胞 RNA 測序相結合的多學科方法，表明了拉伸通過在表皮干細胞的更新活動中產生瞬時偏差來誘導皮膚擴張，而第二亞群的基底干細胞仍然致力于分化。轉錄和染色質圖譜確定了細胞狀態和基因調控網絡是如何通過伸展來調節的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內以單細胞分辨率控制拉伸介導的組織擴張的逐步機制。
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綜上所述，該研究初次從單細胞水平詳細探討了腸道樣本中不同免疫細胞因免疫治療引起變化的機制，發現了毒性 CD8+ T 細胞，增殖 CD8+ T 細胞以及 CD4+ Treg 細胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細胞大部分來源于 CD8+ Trm 細胞，通過對不同細胞因子的分析識別出了潛在的因免疫檢測點阻斷誘發的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點。
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