剛剛過去的 5 月，又是收獲滿滿的一個月。5 月份共有 4 篇客戶文獻影響因子大于 10，分別發在 J  Clin Invest、Hepatology、Nat Commun 和 Journal  of  Hepatology。伯豪提供的服務涉及 ceRNA 芯片，表達譜芯片，RNA  測序分析等。

文章列表

ANXA6 Contributes to Radio resistance by Promoting Autophagy via Inhibiting the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway in Nasopharyngeal Carcinoma

鼻咽癌中 ANXA6 通過抑制 PI3K/AKT/mTOR 信號通路促進自噬增強輻射抗性

發表期刊

Molecular and Cellular Oncology

影響因子

IF=5.26

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

復旦大學上海醫學院

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Affymetrix HumanU133 plus 2.0 Array 

摘要簡單描述：

放療是鼻咽癌常規有效的治療方法，但也有失敗的可能，主要原因是放療耐藥導致腫瘤殘留或復發。然而，鼻咽癌耐輻射的機制和預測標記仍不清楚。在本研究中，作者采用串聯質譜標記（Tandem Mass Tag) 對鼻咽癌細胞進行定量蛋白組學分析，并對不同放射敏感性的鼻咽癌臨床樣本進行基因芯片分析，確定 Annexin A6 (ANXA6) 作為候選的耐輻射標記物。結果發現，高表達 ANXA6 與鼻咽癌的耐輻射能力呈正相關，siRNA 抑制 ANXA6 可提高鼻咽癌的耐輻射能力。與原代細胞相比，建立的耐輻射鼻咽癌細胞的自噬發生率增加，LC3 siRNA (siLC3) 使鼻咽癌細胞對輻射敏感，從而抑制自噬。此外，ANXA6 siRNA (siANXA6) 通過激活 PI3K/AKT/mTOR 通路抑制細胞自噬，導致放射增敏。聯合 siANXA6 和 CAL101(一種 PI3K、p-AKT 和 mTOR 的抑制劑，同時）顯著逆轉上述 sianax6 減少的自噬。CAL101 對 PI3K/AKT/mTOR 的抑制也在負反饋過程中增加了 ANXA6 的表達。綜上所述，本研究發現 ANXA6 通過抑制 PI3K/AKT/mTOR 通路促進自噬，從而有助于鼻咽癌的耐輻射。這一發現的意義在于，ANXA6 可作為鼻咽癌放療后預后的一種新的預測生物標志物。

Overexpression of mechanical sensitive miR-337-3p alleviates ectopic ossification in rat tendinopathy model via targeting IRS1 and Nox4 of tendon-derived stem cells

機械敏感的 miR-337-3p 過表達通過靶向肌腱源性干細胞的 IRS1 和 Nox4 緩解大鼠肌腱病變型的異位骨化

發表期刊    

Journal of Molecular Cell Biology

影響因子    

IF=4.671

中科院雜志分區：生物  2 區

通訊作者所在單位

上海交通大學醫學院附屬新華醫院

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Agilent Rat microRNA chips v16.0

摘要：

肌腱病，以肌腱異位骨化為特征，在某些人群中是一種常見疾病，比如那些肌腱重復性勞損的運動員。然而，肌腱過度使用引起的肌腱病變的分子機制仍然缺乏。在這里，作者發現機械敏感性 miRNA，miR-337-3p，在單軸周期性機械負荷下，在腱源性干細胞（TDSCs）及陰性對照的軟骨成骨細胞分化而來的 TDSCs 種，表達較低。重要的是，miR-337-3p 在大鼠和人鈣化肌腱中的表達均下調，而在大鼠肌腱病變模型的髕腱中 miR-337-3p 的過表達則顯示出強大的治療效果。在機制上，作者發現促炎細胞因子白細胞介素 -1β 是 miR-337-3p 的上游，它將機械負荷與 miR-337-3p 的下調聯系起來。此外，miR-337-3p 的靶基因，NADPH 氧化酶 4 和胰島素受體底物 1，分別通過 JNK 和 ERK 信號激活 TDSCs 的軟骨成骨分化。因此，這些發現不僅為肌腱病異位骨化的分子機制提供了新的見解，而且也突出了 miR-337-3p 作為臨床治療肌腱病的一個可能靶點的意義。

Transcriptome Analysis of Carbohydrate Metabolism Genes and Molecular Regulation of Sucrose Transport Gene LoSUT on the Flowering Process of Developing Oriental Hybrid Lily‘Sorbonne’Bulb

糖代謝基因轉錄組分析及蔗糖轉運基因 LoSUT 對東方百合‘Sorbonne’根球開花過程的分子調控

Int J Mol Sci 發表期刊

影響因子

IF=4.18  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

北京林業大學園林學院

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RNA Sequencing

摘要：

切花百合的品質由球莖的品質決定，在春化和花芽分化過程中，球莖中大量積累了糖，影響了球莖的發育，但是糖基因對這些過程的調控機制的細節還沒有完全了解。此研究利用形態學生理學，轉錄和基因工程技術來探索這種生理變化。重新分析了 Hiseq Illumina 2000 測序產生的東方雜交百合 'Sorbonne' 求根的轉錄組數據后，注釋了 25 種糖代謝相關基因的 72 個基因。結果表明，這些基因與百合球春化和發育密切相關，將基因表達模式與基因共表達網絡相結合，5 個基因（Contig5669、Contig13319、Contig7715、Contig1420 和 Contig87292) 被認為是有潛力的信號，蔗糖轉運基因（SUT) 是此研究的重點。通過生理和分子試驗推斷碳水化合物的轉運途徑和基因的調控機制。SUT 似乎是可以感知和調節糖濃度的糖傳感器，它可能對其他基因如 FT，LFY 等具有影響。LoSUT2 和 LoSUT4 基因是通過 RACE 從東方雜交百合 'Sorbonne' 克隆的，這是這些基因在東方雜交百合 'Sorbonne' 中克隆。分析了這些蛋白質的疏水性和磷酸化等生理特性，此外，還預測了蛋白質的二級和三級結構，表明這兩種蛋白質是膜蛋白。通過定位熒光載體實驗驗證了它們的細胞位置；它們在韌皮部周圍的細胞中高度表達，這說明了這些基因在糖轉運中的關鍵作用。此外，瞬時表達試驗表明，擬南芥中過表達的 LoSUT2 和 LoSUT4 明顯早于野生型，FT、SOC1 和 LFY 的表達也受 LoSUT2 和 LoSUT4 的影響，表明 LoSUT2 和 LoSUT4 可能調節植物的開花時間。

The Long Noncoding RNA Arrl1 Inhibits Neurite Outgrowth by Functioning as a Competing Endogenous RNA During Neuronal Regeneration in Rats

長非編碼 RNA Arrl1 在大鼠神經元再生過程中作為競爭性內源性 RNA 抑制軸突生長

發表期刊

J. Biol. Chem.

影響因子

IF=4.11  

通訊作者所在單位

南通大學神經再生重點實驗室

南通大學附屬醫院

上海科技大學生命科學技術學院

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RNA-seq

摘要

神經元的固有再生能力是修復周圍神經損傷的關鍵因素。因此，確定神經再生的關鍵調節劑可能有助于改善軸突再生和損傷后的功能恢復。與經典轉錄因子和再生相關基因（RAG）不同，lncRNA 在調節神經元再生中的功能仍然未知。在這項研究中，研究者使用基于 RNA-Seq 的轉錄組圖譜分析了坐骨神經損傷后大鼠背根神經節（DRG）中 lncRNA 和 mRNA 的表達模式。使用 lncRNA–mRNA 共表達網絡，GO 富集和 KEGG 途徑數據庫進行的分析表明，lncRNA Arrl1 減少了神經元損傷后神經突的長出。shRNA 介導的 Arrl1 沉默在體外和體內均可增加軸突再生，并改善坐骨神經的功能恢復。此外，抑制 Arrl1 的靶基因，細胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑 2B（Cdkn2b），可顯著促進 DRG 神經元的神經突生長。另外研究表明，Arrl1 作為一種競爭性的內源性 RNA (ceRNA)，能夠分泌 Cdkn2b 抑制因子 microRNA-761 (miR-761)，從而在神經元再生過程中上調 Cdkn2b 的表達。lncRNA Arrl1 通過抑制 Cdkn2b 表達來影響 DRG 神經元的固有再生。該研究表明，lncRNA–microRNA–激酶途徑在大鼠周圍神經損傷后的軸突再生和功能恢復中起著調節作用。

Circular RNA-ZNF532 regulates diabetes-induced retinal pericyte degeneration and vascular dysfunction

circRNA-ZNF532 調節糖尿病引起的視網膜周細胞變性和血管功能障礙

發表期刊

J Clin Invest

影響因子

IF=11.57

中科院雜志分區：醫學 1 區

通訊作者所在單位

南京醫科大學附屬眼科醫院

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Human circRNA 芯片

摘要：

尿病視網膜病變（DR) 是處于工作年齡的成年人失明的主要原因。其中，血管周細胞變性是主要的臨床表現。然而，控制周細胞變性的機制卻不明確。環狀 RNA (Circular RNAs, circRNAs) 已被發現在多種生物過程和疾病進展中起重要作用。本研究中，作者研究了 circRNA 在周細胞生物學和糖尿病視網膜血管中的作用。研究發現，糖尿病患者外周血細胞中 cZNF532 表達上調；在糖尿病小鼠模型的視網膜血管中和糖尿病患者的玻璃體中，cZNF532 表達也同樣上調。進一步分析其功能發現，cZNF532 沉默會導致周細胞的存活率，增殖和和分化能力降低。在體外實驗中，cZNF532 還可以抑制周細胞向內皮細胞的募集。cZNF532 可以作為 miR-29a-3p 海綿并誘導 NG2，LOXL2, CDK2 的表達來調控周細胞生物學功能。下調 cZNF532 或過表達 miR-29a-3p 加重鏈脲霉素誘導的視網膜周細胞變性和血管功能障礙。相反，過表達 cZNF532 或抑制 miR-29a-3p 可改善糖尿病玻璃體誘導的視網膜周細胞變性和血管功能障礙。總的來說，該研究證實了  circRNA 在 DR 中介導的周細胞生物學的機。誘導 cZNF532 或拮抗 miR-29a-3p 可能成為將來治療 DR 的新方法。

Functional Comparison of IFN-α Subtypes Reveals Potent HBV Suppression by a Concerted Action of IFN-α and -γ Signaling

IFN- α 亞型的功能比較揭示了 IFN- α 和 - γ 信號協同作用對 HBV 的抑制作用

發表期刊

Hepatology

影響因子

IF=14.97 

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

復旦大學上海醫學院

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Gene Expression Array

摘要：

干擾素 -α（IFN-α）由多種亞型組成，在免疫防御中起著重要作用。IFN-α2 作為研究較多的亞型，治療慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染具有療程短、持續的病毒學反應等優點，但其療效仍較低。本研究旨在篩選抗 HBV 能力較強的 IFN- α 亞型，并探討 IFN- α 介導的 HBV 抑制的新機制。采用細胞培養 HBV 感染系統和人肝嵌合小鼠模型，對 IFN- α 亞型介導的抗病毒反應和信號激活進行了綜合分析。IFN-α14 是抑制 HBV-cccDNA 轉錄和 HBeAg/HBsAg 產生的較有效亞型，其 IC50 值比常規 IFN-α2 低約 100 倍。單用 IFN-α14 誘導 IFN- α 和 - γ 信號串擾，類似于聯合應用 IFN-α2 和 IFN-γ，誘導多個有效的抗病毒效應物，協同抑制 HBV 復制。GBP5 是 IFN-α14- 和 -α2 處理的肝細胞中差異表達較顯著的基因之一，被認為是一種新的 HBV 限制因子。IFN-α-IFNAR1 受體亞單位間的強相互作用決定了 IFN- α 的抗 HBV 活性。進一步證實 IFN-α14 的體內抗 HBV 活性和治療相關的轉錄模式，未見不良反應。結論：IFN- α 亞型 14 能有效地誘導肝內 IFN- α 和 - γ 協同反應，與有效的 HBV 抑制有關。這些數據加深了我們對 IFN- α 亞型不同活性的理解，以及 IFN- α 和 - γ 信號協同作用的機制，對改進 IFN 治療和 HBV 治療策略具有指導意義。

Raptor determines β-cell identity and plasticity independent of hyperglycemia in mice.

Raptor 影響了與高血糖無關的小鼠中 β -cell 的特異性和可塑性

發表期刊

Nat Commun

影響因子

IF=11.878  

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

上海交通大學附屬瑞金醫院

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RNA Sequencing

摘要簡單描述

作者之前報道過 mTORC1/Raptor 可以調控 β 細胞的成熟分化。在這篇文章中，作者發現 β 細胞特異性 Raptor 缺失的糖尿病小鼠（βRapKOGFP）顯示出 β 細胞數量的減少，β 細胞特性的減少的同時，表現出 α 細胞特征的增加，這種變化通常在葡萄糖歸一化后是不可逆的。Raptor 的缺失直接損傷了 β 細胞的特性，比如說線粒體代謝耦合和蛋白質合成活性，從而導致 β 細胞的減少。進一步的研究發現，Raptor 的缺失激活了 α 細胞特異性轉錄因子 Mafb 和一些 α 細胞特異性富集的基因，比如說 Etv1、Tspan12，進而激活了 β 細胞向 α 細胞重編程。本研究強調了 mTORC1 作為一個代謝調節器，可以在正常的葡萄糖水平下穩定 β 細胞的特性同時抑制 α 細胞的重編程，上述發現未來可能成為糖尿病治療的潛在靶點。

Peptide SMIM30 promotes HCC development by inducing SRC/YES1 membrane anchoring and MAPK pathway activation

多肽 SMIM30 誘導促進肝癌發展的 SRC / YES1 膜錨固和 MAPK 途徑激活

發表期刊

Journal  of  Hepatology

影響因子

IF=18.9 

中科院雜志分區：1 區

通訊作者所在單位

上海第二軍醫大學

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RIP Sequencing

摘要簡單描述

背景和目的：具有小開放閱讀框（smORFs) 的（ncRNAs) 非編碼 rna 的很大比例確實被翻譯成短肽。目前尚不清楚短肽在何處以及如何促進肝細胞癌（HCC) 的發展。

方法：作者在 4 個癌細胞系上使用核糖體蛋白 S6 (RPS6) 抗體進行 rna 免疫沉淀和高通量測序（RIP-seq) 分析。作者以一個 lncRNA LINC00998 為研究對象，利用 qPCR 和公共數據庫評價其在 HCC 患者中的表達水平。通過構造特殊的載體來確定其編碼潛力，并對 linc00998 編碼的肽在腫瘤的生長和轉移作用機理進行了探討。

結果：作者在癌細胞中發現了大量與 RPS6 結合的 lncRNAs。這些 lncRNAs 中的 LINC00998 編碼了一種稱為 SMIM30 的內源性小肽。SMIM30 通過調控細胞的增殖和遷移來促進肝癌的發生，而不是 RNA 本身，其水平與肝癌患者較低的生存率相關。此外，SMIM30 通過 c -Myc 轉錄，驅動非受體酪氨酸激酶 - src /YES1 的膜錨定。此外，SRC/YES1 還激活了下游的 MAPK 信號通路。

結論：作者的研究結果不僅揭示了由 ncrna 編碼的肽促進的肝癌腫瘤發生的新機制，而且提示該肽可作為肝癌治療的新靶點和肝癌診斷和預后的新的生物標志物。

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