截止 2020 年 3 月份伯豪生物協(xié)助客戶發(fā)表高質(zhì)量文章總量 1706 篇（破 1700 了），平均 2.3 天發(fā)一篇文章。3 月共有 21 項文章成果，與各位老師好文共賞！

ATRX/EZH2 complex epigenetically regulates FADD/PARP1 axis, contributing to TMZ resistance in glioma

摘要：

膠質(zhì)瘤是成人常見的原發(fā)性惡性腦瘤。一線化療藥物替莫唑胺（TMZ) 的耐藥是膠質(zhì)瘤患者治療中的一個重要問題。ATRX 基因的變化是構(gòu)成神經(jīng)膠質(zhì)瘤常見的遺傳異常現(xiàn)象之一。ATRX 在 TMZ 耐藥中的作用亟待闡明。作者結(jié)合基因表達、DNA 甲基化和 CHIP-seq 數(shù)據(jù)集進行生物信息學(xué)分析。利用 CRISPR-Cas9 基因編輯系統(tǒng)在 TMZ 耐藥細胞中實現(xiàn) ATRX 敲除。通過體外和體內(nèi)實驗，探討 ATRX 在膠質(zhì)瘤中對 TMZ 耐藥的作用。結(jié)果顯示 ATRX 在 TMZ 耐藥細胞中通過 STAT5b/TET2 復(fù)合物介導(dǎo)的 DNA 去甲基化而表達上調(diào)，并通過穩(wěn)定 PARP1 蛋白而加強 DNA 損傷修復(fù)。磁共振成像（MRI) 顯示，PARP 抑制劑聯(lián)合 TMZ 可抑制 ATRX 野生型 TMZ 耐藥顱內(nèi)異種移植模型中膠質(zhì)瘤的生長。本研究進一步闡明了 ATRX/PARP1 軸參與 TMZ 耐藥的新機制。研究結(jié)果為 PARP 抑制劑可能成為克服 ATRX 介導(dǎo)的 TMZ 膠質(zhì)瘤耐藥的潛在輔助劑提供了大量的新證據(jù)。

Expression profiles of miRNAs in giant cell tumor of bone showed miR-187-5p and miR-1323 can regulate biological functions through inhibiting FRS2

摘要：

骨巨細胞瘤（GCTB) 被認為是一種交界性腫瘤，有復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移的趨勢。microRNA 是一種非編碼小 RNA，可以通過 RNA 誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體抑制靶 mRNA 的翻譯。本文研究人員利用 miRNA 芯片對 3 組 GCTB 患者的腫瘤組織和正常組織進行了差異表達 miRNA 分析，并對腫瘤組織中高表達的 miR-187-5p 和 miR-1323 進行了功能研究，結(jié)果提示這兩個 microRNA 在體外可以共同調(diào)節(jié) GCTB 的生物學(xué)功能。RNAhybrid 預(yù)測，熒光素酶分析證實，這兩個 microRNAs 均能與靶基因 FRS2 mRNA 的 3’非翻譯區(qū)（UTR) 結(jié)合，通過影響 FRS2 的表達來調(diào)節(jié) GCTB 的生物學(xué)功能。該研究結(jié)果為后續(xù)的 GCTB 治療提供了基因?qū)用娴膮⒖夹畔ⅰ?/font>

Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma

發(fā)表期刊

Aging (Albany NY)

影響因子

IF=5.515 

中科院雜志分區(qū) 2 區(qū)

通訊作者所在單位

北京天壇醫(yī)院神經(jīng)外科

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina 

Infinium MethylationEPIC 

850K BeadChip

SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)

摘要：

腫瘤再生是臨床無功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個重要特征。目前尚無適用于術(shù)后患者的預(yù)后評估方法。作者旨在發(fā)現(xiàn) DNA 甲基化生物標(biāo)志物用于預(yù)后評估。對 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進行了 DNA 甲基化芯片和基因表達譜分析。對比再生組和非再生組確定差異表達基因和差異甲基化基因。發(fā)現(xiàn) 13 個基因的 DNA 甲基化與基因表達負相關(guān)。通過無進展生存分析發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)AM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關(guān)。基于 13 個基因建立預(yù)后預(yù)測模型，6 個基因模型的 AUC 值高 0.820。通過焦磷酸測序和 RT-PCR 對預(yù)后生物標(biāo)志物進行驗證。單變量 Cox 回歸發(fā)現(xiàn) FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長的獨立預(yù)后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達水平與腫瘤的再生有關(guān)，可以作為預(yù)測 NFPA 患者預(yù)后的生物標(biāo)志物。

Transcriptomic and metabolomic responses in the livers of pigs to diets containing different non-starchy polysaccharides

摘要：

本研究旨在比較不同膳食非淀粉多糖（NSPs）對豬肝臟的轉(zhuǎn)錄和代謝反應(yīng)，包括菊粉（INU）、生馬鈴薯淀粉（RPS）和果膠（PEC）。結(jié)果表明，PEC 能顯著降低豬的采食量和體重。NSPs 可降低肝內(nèi)甘油三酯水平，升高膽汁酸水平。NSPs 下調(diào)脂質(zhì)降解相關(guān)基因。參與氨基酸降解和代謝的基因被 RPS 和 PEC 上調(diào)，導(dǎo)致肝臟中氨基酸水平降低。此外，糖異生相關(guān)基因也被 RPS 上調(diào)。總的來說，三種 NSPs 都減少了肝臟脂肪沉積。此外，RPS 和 PEC 影響氨基酸代謝，RPS 改變肝臟的糖原生成。這一發(fā)現(xiàn)促使我們深入了解不同類型的 NSPs 在調(diào)節(jié)機體代謝中的作用。

Transcriptomic changes and potential regulatory mechanism of intrauterine human chorionic gonadotropin co-cultured with peripheral blood mononuclear cells infusion in mice with embryonic implantation dysfunction

發(fā)表雜志  

Ann Transl Med

影響因子

IF=3.69

醫(yī)學(xué) 2 區(qū)

通訊作者所在單位： 武漢大學(xué)第一臨床學(xué)院

伯豪服務(wù)

Shbio Analysis System

摘要

背景：

本研究旨在探討宮內(nèi)輸注外周血單個核細胞（PBMCs）能否誘導(dǎo)子宮內(nèi)膜轉(zhuǎn)錄組改變以適應(yīng)著床及其可能的機制。

方法：

將 21 只小鼠隨機分為五組：正常妊娠組（NP）、胚胎著床功能障礙組（EID）、EID 加人絨毛膜促性腺激素（hCG）組、EID 加 PBMCs 組，和 EID 加 hCG 及 PBMCs 共培養(yǎng)組。收集小鼠著床窗口子宮內(nèi)膜，采用 RNA-seq 檢測，并篩出符合率高、差異顯著的基因表達，并用 qRT-PCR 進行驗證。

結(jié)果：

與正常妊娠小鼠相比，EID 小鼠共有 1366 個基因上調(diào)和 1374 個基因下調(diào)。我們選擇倍數(shù)變化≥2（P<0.05）的先前報道的與胚胎著床、免疫應(yīng)答等生殖過程相關(guān)的候選基因，用 qRT-PCR 方法驗證了其表達。EID 組中，白血病抑制因子（LIF）、溶質(zhì)載體家族 15 成員 2（SLC15A2）、維甲酸受體應(yīng)答器 1（RARRES1）、血管細胞黏附分子 1（VCAM1）表達下調(diào)，肌蛋白（MSC）、趨化因子（C-X- C 基序）配體 14（CXCL14）表達上調(diào)，（P<0.05），并且發(fā)現(xiàn) hCG 具有協(xié)同作用。另外，NP 小鼠 PBMC 的糖皮質(zhì)激素受體（GR）- β 的表達高于 EID 小鼠，EID 小鼠中上調(diào) GR- β 可顯著增加 LIF、SLC15A2、RARRES1 和 VCAM1 的表達，降低 CXCL14 和 MSC 的表達，提示 GR- β 可能是上述 6 個基因的轉(zhuǎn)錄因子。

結(jié)論：

宮內(nèi)灌注 PBMCs 可通過調(diào)節(jié) LIF、SLC15A2、RARRES1、VCAM1、MSC 和 CXCL14 改善子宮內(nèi)膜容受性損害的表現(xiàn)，hCG 可增強 PBMCs 的作用。此外，GR- β 作為一種轉(zhuǎn)錄因子，可以調(diào)控 PBMCs 中的 6 個基因。

Development of prognostic index based on autophagy-related genes analysis in breast cancer

發(fā)表雜志：Aging (Albany NY).

IF= 5.5

中科院分區(qū) 2 區(qū)

通訊作者所在單位：

華南腫瘤國家重點實驗室腫瘤醫(yī)學(xué)協(xié)同創(chuàng)新中心超聲科

涉及產(chǎn)品  

Shbio Analysis System

摘要：

背景：

自噬是一種能夠滿足細胞代謝需要的自我消化過程，與癌癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。然而，自噬相關(guān)基因（ARGs) 對乳腺癌預(yù)后的影響尚不清楚。

結(jié)果：

作者首先發(fā)現(xiàn) 27 個 arg 與乳腺癌患者的總體生存率顯著相關(guān)。使用 Cox 回歸模型建立的預(yù)后相關(guān) ARGs 信號包括 12 個 ARGs，可將患者分為高危組和低危組。高危分患者的總生存期（HR 3.652, 2.410-5.533;P <0.001) 低于低風(fēng)險評分的患者。1 年、3 年、5 年受試者工作特征（ROC) 曲線下面積分別為 0.739、0.727、0.742。

結(jié)論：

12- args 標(biāo)記物可以預(yù)測乳腺癌的預(yù)后，從而幫助對不同風(fēng)險的患者進行個體化治療。

方法：

基于 TCGA 數(shù)據(jù)集，作者整合了 1039 名乳腺癌患者的 ARGs 表達譜。采用計算差分算法和 COX 回歸分析對差異表達 ARGs 和生存相關(guān) ARGs 進行評價。此外，我們還探討了這些 arg 的突變。利用多變量 COX 分析，提出了一種新的基于 ARGs 的預(yù)后指標(biāo)。

Integrated analysis of mRNA and protein expression profiling in tubal endometriosis

發(fā)表雜志：

Reproduction

IF= 3.125

生物 3 區(qū)

通訊作者所在單位：

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬國際和平婦幼保健院婦產(chǎn)科

涉及產(chǎn)品  

Shbio Analysis System

摘要：

輸卵管子宮內(nèi)膜異位癥（Tubal EM）是與輸卵管損傷和不孕相關(guān)的子宮內(nèi)膜異位癥（EM）的一個亞型。由于 Tubal EM 的分子機制尚不清楚，我們認為輸卵管上皮細胞異常的轉(zhuǎn)錄組和輸卵管液中細胞因子引起的微環(huán)境改變可能是引起 Tubal EM 的原因。本研究的目的是通過整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的分析來鑒定 Tubal EM 的潛在的關(guān)鍵性 mRNAs/ 蛋白，并闡明重要的途徑、細胞功能，以及在 Tubal EM 發(fā)生和發(fā)展過程中的相互作用網(wǎng)絡(luò)。我們從有或無 Tubal EM 的患者身上獲得了人輸卵管上皮和輸卵管液樣本，用芯片技術(shù)分析了輸卵管上皮細胞，采用無標(biāo)記 LC-MS/MS 定量分析輸卵管液。我們鑒定了差異表達基因（DEGs）和差異表達蛋白（DEPs），并確定了共同的 mRNA/ 蛋白。我們觀察到 35 種共同失調(diào)的 mRNAs/ 蛋白，IPA 顯示細胞運動、炎癥反應(yīng)，及免疫細胞的轉(zhuǎn)運，在 Tubal EM 的發(fā)病過程中被顯著激活。我們還發(fā)現(xiàn)急性期反應(yīng)信號通路的激活是輸卵管 EM 獨特的發(fā)病機制。我們的結(jié)果表明，轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的綜合分析有可能在分子水平上揭示新的疾病機制。

Deoxynivalenol Induces Inflammation in IPEC-J2 Cells by Activating P38 Mapk And Erk1/2

發(fā)表期刊

Toxins (Basel)

影響因子

IF=3.89

雜志中科院分區(qū)。

中科院雜志分區(qū) 3 區(qū)

通訊作者所在單位

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

RNA 測序

摘要：

鐮刀菌源毒素脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON) 通常會引起腹瀉、嘔吐和胃腸道炎癥。本文研究人員利用豬小腸上皮細胞系 IPEC-J2，研究了 DON 對豬小腸上皮細胞的細胞毒作用。通過 RNA-seq 技術(shù)對 DON 處理前后的 IPEC-J2 進行差異表達基因（DEGs) 篩選，共鑒定出 320 個上調(diào)基因和 160 個下調(diào)基因，這些 DEGs 主要富集在免疫相關(guān)通路上。DON 能誘導(dǎo)包括細胞因子、趨化因子以及其他炎癥相關(guān)基因在內(nèi)的促炎基因的表達，并能促進 IL1a、IL6 和 TNF- α 的釋放，激活細胞外信號調(diào)節(jié)激酶 ERK1/2、JNK 和 p38 MAPK 的磷酸化。p38 抑制劑可減弱 DON 誘導(dǎo)的 IL6、TNF-α、CXCL2、CXCL8、IL12A、IL1A、CCL20、CCL4 和 IL15 的釋放，而 ERK1/ 2 抑制劑對 IL15 和 IL6 的抑制作用較小。p38 MAPK 抑制劑能減弱 IL1A、IL6 和 TNF- α 的釋放，ERK1/ 2 抑制劑部分減弱 IL6 的蛋白水平。這些數(shù)據(jù)表明 DON 通過激活 p38 和 ERK1/ 2 誘導(dǎo) IPEC-J2 細胞產(chǎn)生促炎因子。

A severe leakage of intermediates to shunt products in acarbose biosynthesis

摘要：

眾所周知，阿卡波糖（Acarbose) 是一種 α - 葡萄糖苷酶的抑制劑，由游動放線菌 Actinoplanes sp SE50/110 產(chǎn)生，可以治療 2 型糖尿病。然而，這種化合物的生物合成機制尚未明確，阻礙了進一步提高藥物效價。在此，我們發(fā)現(xiàn)在發(fā)酵液中積累了大量的阿卡波糖中間產(chǎn)物 1 - 丙戊烯醇和丙戊烯醇，不直接參與阿卡波糖生物合成。還發(fā)現(xiàn)氨基脫氧己糖的生物合成效率很低部分在這些分流產(chǎn)物的形成中起作用。因此，研究人員通過盡量減少分流產(chǎn)物的流量，大限度地供應(yīng)氨基脫氧己糖，使阿卡波糖效價提高了 1.2 倍甚至達到 7.4 g L?1。本研究提供關(guān)于 c7 - 環(huán)化醇生物合成的見解，并強調(diào)其在提高微生物效價的重要性。

Prenatal NO2 exposure and neurodevelopmental disorders in offspring mice: Transcriptomics reveals sex-dependent changes in cerebral gene expression

發(fā)表期刊  

影響因子

IF=7.94 

Environment International

雜志中科院分區(qū)。

中科院雜志分區(qū) 1 區(qū)

通訊作者所在單位

山西大學(xué)環(huán)境與資源學(xué)院

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)。

RNA-Seq

摘要：

背景：

早年接觸二氧化氮（NO2）會增加兒童期或晚年患神經(jīng)發(fā)育障礙的風(fēng)險。

目的：作者主要研究在出生后沒有 NO2 暴露的情況下，出生前吸入 NO2 是否會導(dǎo)致子代神經(jīng)發(fā)育異常和認知缺陷，以及這種出生前吸入 NO2 是如何影響出生后結(jié)果的。

方法：

妊娠 C57BL/ 6 小鼠在整個妊娠期暴露于空氣或 NO2（2.5ppm，5h/d）中，于出生后第 1、7、14、21 天處死。測定不同發(fā)育時期的 mRNA 表達譜，檢測子代的長非編碼 RNA（lncRNA）和認知功能，分析 hub-lncRNA 對差異表達基因（DEGs）的影響。

結(jié)果：

出生前吸入 NO2 對斷奶雄性后代的認知功能有顯著損害。在出生后不同的發(fā)育時期，雄性特異性反應(yīng)伴隨著皮質(zhì)的神經(jīng)病理學(xué)和轉(zhuǎn)錄譜的異常。一直以來，對 DEGs 的 GO 分析顯示，雄性后代的神經(jīng)發(fā)育相關(guān)生物過程和細胞成分持續(xù)受到干擾，而載脂蛋白 E（ApoE）是導(dǎo)致產(chǎn)前暴露誘發(fā)雄性特異性神經(jīng)功能障礙的關(guān)鍵因素之一。此外，在后代中發(fā)現(xiàn)明顯的性別依賴性 lncRNA 表達，轉(zhuǎn)移相關(guān)的肺腺癌轉(zhuǎn)錄本 1（Malat1）作為中樞 lncRNA，在雄性后代中與 lncRNA-mRNA 共表達對中的大多數(shù)編碼基因共表達。重要的是，lncRNA-Malat1 的表達會升高，同時 Malat1 通過 NF-κB 的激活調(diào)節(jié) ApoE 的表達。

結(jié)論：

出生前接觸 NO2，在出生后胎兒皮質(zhì)會產(chǎn)生性別依賴性神經(jīng)認知障礙和轉(zhuǎn)錄譜的變化。雄性特異性神經(jīng)功能障礙與出生后神經(jīng)發(fā)育過程中基因的不斷變化以及 hub-lncRNAs 對其轉(zhuǎn)錄調(diào)控有關(guān)。

LncRNA PEAMIR inhibits apoptosis and inflammatory response in PM2.5 exposure aggravated myocardial ischemia/reperfusion injury as a competing endogenous RNA of miR-29b-3p

摘要：

PM2.5 暴露下心肌對缺血 / 再灌注（I/R) 損傷的敏感性增強。lncRNA-miRNA 對 PM2.5 暴露下心肌損傷加重的研究仍處于序幕階段。在本研究中，作者首先建立了大鼠模型，暴露在 PM2.5 (6.0 mg/kg) 下，缺血 30min，再灌注 24h。作者發(fā)現(xiàn) PM2.5 暴露在心肌損傷、凋亡水平、心功能等方面明顯加重損傷。然后，根據(jù)測序結(jié)果和 RT-qPCR，在后續(xù)實驗中選擇了 NONRATT003473.2，并將其命名為 PM2.5 暴露加重心肌 I / R 損傷 lncRNA (PEAMIR)。與大鼠模型結(jié)果一致，作者證實 PEAMIR 是一種對 H9c2 細胞中 PM + HR 觸發(fā)損傷具有保護作用的 lncRNA。接下來，根據(jù) miRanda 數(shù)據(jù)庫的生物信息學(xué)分析和一系列的功能實驗，作者證明 PEAMIR 是 miR-29b-3p 抑制心臟炎癥和凋亡的 ceRNA。利用數(shù)據(jù)庫，在凋亡關(guān)鍵蛋白 PI3K (p85a) 的 3’utr 中識別出 miR-29b-3p 的保守結(jié)合位點。隨后的實驗驗證了 PEAMIR-miR-29b-3p ceRNA 對與 PI3K (p85a)/Akt/GSK3b/p53 級聯(lián)通路的調(diào)控關(guān)系。綜上所述，作者的研究證實了 PEAMIR 在 PM2.5 暴露下 I / R 損傷增強中的作用和機制，為 PM2.5 暴露下 I / R 損傷的防治提供了一種有前景的策略。

The(p)ppGpp-mediated stringent response regulatory system globally inhibits primary metabolism and activates secondary metabolism in Pseudomonas protegens H78

摘要：

假單胞菌蛋白 H78 產(chǎn)生多種次生代謝物，包括抗生素和鐵載體。鳥苷五磷酸或四磷酸（(p)ppGpp) 介導(dǎo)的嚴(yán)苛反應(yīng)被細菌用來在營養(yǎng)饑餓和其他壓力下生存。作者研究了 relA/spoT 雙缺失對生長到中、晚期的 H78 蛋白的轉(zhuǎn)錄組特征、生理和代謝的整體影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析顯示，relA/spoT 缺失上調(diào)了參與 DNA 復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯的基因的表達；氨基酸代謝；碳水化合物和能量代謝；離子運輸和代謝；和分泌系統(tǒng)。在 H78 中，relA/spoT 的缺失部分增加了細菌的生長，而降低了細胞的存活率。某些營養(yǎng)元素（C、P、S、N) 的利用由于 relA/spoT 的缺失而降低。相比之下，relA/spoT 突變在全球范圍內(nèi)抑制了次生代謝基因簇（plt、phl、prn、ofa、fit、pch、pvd 和 has) 的表達。相應(yīng)的，relA/spoT 突變顯著降低了抗生素和鐵載體的生物合成、鐵利用和耐藥性。本研究強調(diào)（p) ppgpp 介導(dǎo)的嚴(yán)苛反應(yīng)調(diào)控系統(tǒng)在抑制 p 蛋白原的一級代謝和激活二級代謝中起重要作用。

Identification ofa novel NtLRR-RLK and biological pathways that contribute to tolerance of TMV in Nicotiana tabacum.

發(fā)表期刊  

Mol Plant Microbe Interact.

影響因子

IF=3.64 

中科院分區(qū) 2 區(qū)

通訊作者所在單位

鄭州

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)。

RNA-Seq

摘要：

煙草花葉病毒（TMV) 感染可對作物造成嚴(yán)重損害。為探索植物抗 TMV 的途徑，利用 2 個不同抗性的煙草品種進行了 TMV 感染前后的轉(zhuǎn)錄譜分析。耐藥品種（Y) 和易感品種（N) 的生物途徑不同，特別是耐藥品種（Y) 的植物 - 病毒相互作用途徑迅速激活，特異性抗性基因豐富。LC-MS/MS 分析檢測到大量抗病毒物質(zhì)。一個新的 NtLRR-RLK 基因被鑒定為發(fā)生甲基化，并通過亞硫酸氫鹽測序進行了驗證。TMV- gfp 在 prnain -NtLRR-RLK 轉(zhuǎn)基因植物中的瞬時表達證實了 NtLRR-RLK 對 TMV 敏感性的重要作用。我們研究得到的特異性蛋白相互作用圖顯示，BIP1、E3 泛素連接酶和 LRR-RLK 水平顯著升高，且均出現(xiàn)在蛋白相互作用圖的節(jié)點位置。在接種 TMV 后 24h 的 prnaintlrr - rlk 轉(zhuǎn)基因植株中也發(fā)現(xiàn)了相同的表達趨勢。這些數(shù)據(jù)表明，感染過程中的特定基因可以通過不同的抗性基因激活免疫信號級聯(lián)，信號通路的整合可以產(chǎn)生對病毒的抗性。這些結(jié)果有助于全面了解植物對 TMV 抗性的分子基礎(chǔ)，并有助于確定預(yù)防和控制病毒感染的新策略。

精彩福利：

各位產(chǎn)品經(jīng)理歷時 1 個月為整理了一份長達 70 頁的文獻集錦，內(nèi)容涵蓋基因組水平，轉(zhuǎn)錄組水平和表觀組水平研究三個層面，收集了從先天性遺傳疾病、肝膽疾病、皮膚、腫瘤等方向，經(jīng)典高質(zhì)量文章思路解讀 70 余例，助力科學(xué)研究靈感碰撞：

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