2 月份 單細胞測序相關(guān)文獻
二月份搜集到單細胞測序相關(guān)文獻 43 篇（IF>9），下面列出具體信息，一起看看有沒有您關(guān)注的研究方向，可提供相關(guān)原文。
精選高分文獻
- 01 -
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids. Nature. 2020.
摘要：
類原腸胚是胚胎干細胞的三維聚集體，在著床后表現(xiàn)出哺乳動物發(fā)育的關(guān)鍵特征，包括胚層分化和軸向組織。目前為止，只有少數(shù)基因在原腸胚中的表達模式在顯微鏡下得到研究，并且還不清楚類原腸胚中的全基因組表達模式在多大程度上模仿了胚胎中的表達模式。在這里，作者使用單細胞 RNA 測序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來比較小鼠類原腸胚和小鼠胚胎，鑒定了各種先前未知的類原腸胚細胞類型，并表明體節(jié)發(fā)生的關(guān)鍵調(diào)控因子在胚胎和類原腸胚之間表達相似。利用活體成像技術(shù)，作者證明了體節(jié)發(fā)生鐘在類原腸胚中是活躍的，并且具有與活體相似的動力學(xué)。因為類原腸胚可以大量生長，所以作者進行了一個小篩選，揭示了 FGF 信號的降低是如何誘導(dǎo)胚胎出現(xiàn)短尾表型的。作者證明了在基質(zhì)膠中包埋會誘導(dǎo)類原腸胚產(chǎn)生具有正確頭尾模式的體節(jié)，這些體節(jié)隨著時間的推移以從到后的方向依次出現(xiàn)。因此，這項研究顯示了類原腸胚作為模型系統(tǒng)的能力，其能夠以高通量方式研究體外發(fā)育和體節(jié)發(fā)生。
- 02 -
Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Nature. 2020.
摘要：
盡管阻斷 PD1 與其配體 PDL1 相互作用的抗體在癌癥治療中取得了巨大的臨床成功，但所涉及的機制仍不清楚。了解 T 細胞在腫瘤免疫中的起源和命運的一個主要限制是缺乏關(guān)于癌癥患者個體克隆型 T 細胞分布的定量信息。在這里，通過對不同類型癌癥患者的 RNA 和 T 細胞受體進行深入的單細胞測序，作者調(diào)查了癌、癌旁和外周血中不同群體的 T 細胞和 T 細胞受體的分布情況。作者發(fā)現(xiàn)效應(yīng)型 T 細胞不僅在腫瘤內(nèi)而且在正常鄰近組織中呈克隆性擴張的明確證據(jù)。具有這種克隆型擴增基因特征的患者對抗 PDL1 治療反應(yīng)。值得注意的是，在腫瘤和正常鄰近組織中發(fā)現(xiàn)的擴增克隆型通常也可以在外周血中檢測到，這表明這是一種方便的患者識別方法。作者對自己的數(shù)據(jù)和幾個外部數(shù)據(jù)集的分析表明，腫瘤內(nèi)的 T 細胞（特別是有反應(yīng)的患者）被來自腫瘤外部位的新鮮的、未耗盡的替代細胞所補充，這表明這些患者的癌癥免疫周期持續(xù)活躍，其加速可能與臨床反應(yīng)有關(guān)。
- 03 -
Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody. Cell. 2020
摘要：
致病性自身抗體出現(xiàn)在許多自身免疫性疾病中，但尚不清楚它們?nèi)绾翁颖芗毎庖邫z查點的控制。作者通過單細胞多組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，淋巴樣惡性腫瘤與由常見類風(fēng)濕因子自身抗體引起的混合型冷球蛋白血癥有共同的機制。通過將單細胞 DNA 和 RNA 測序與血清抗體肽測序和抗體合成相結(jié)合，發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生致病性自身抗體的稀有循環(huán) B 淋巴細胞構(gòu)成了產(chǎn)生累積突變的克隆樹。在產(chǎn)生致病性自身抗體的流氓 B 細胞中存在淋巴瘤驅(qū)動基因突變和 V(D)J 突變（CARD11、TNFAIP3、CCND3、ID3、BTG2 和 KLHL6)?？贵w V（D）J 突變通過在低溫度下使抗原結(jié)合的自身抗體發(fā)生相變成為不溶性聚集物而賦予其致病性。該結(jié)果揭示了人類淋巴瘤腫瘤形成的前階段一系列導(dǎo)致標志性致病性自身抗體的體細胞突變。
- 04 -
Single-Cell Transcriptomic Atlas of Primate Ovarian Aging. Cell. 2020
摘要：
卵巢衰老和女性與年齡相關(guān)的生育力下降的分子機制仍不清楚。我們調(diào)查了年輕人和老年人的非人類靈長類動物（NHP）卵巢的單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)情況，并鑒定了七種具有不同基因表達特征的卵巢細胞類型，包括卵母細胞和六種類型的卵巢體細胞。卵母細胞基因表達動力學(xué)的深入解剖揭示了在順序和逐步發(fā)展階段的四個亞型。細胞類型特異性衰老相關(guān)的轉(zhuǎn)錄變化的進一步分析揭示了早期卵母細胞和顆粒細胞特有的抗氧化劑信號傳導(dǎo)的紊亂，表明氧化損傷是卵巢功能下降的關(guān)鍵因素。另外，老年婦女的顆粒細胞中發(fā)現(xiàn)了失活的抗氧化途徑，活性氧增加和凋亡。這項研究以單細胞分辨率全面了解了靈長類動物卵巢衰老背后的細胞類型特異性機制，揭示了新的診斷性生物標記物以及與年齡相關(guān)的人類卵巢疾病的潛在治療靶標。
- 05 -
An immune-cell signature of bacterial sepsis. Nat Med. 2020.
摘要：
對細菌感染的免疫應(yīng)答失調(diào)會導(dǎo)致膿毒癥，這是一種死亡率很高的情況。多項全血基因表達研究已經(jīng)確定了膿毒癥相關(guān)的分子標記，但還沒有解決特定細胞類型轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的變化。在這里，作者使用單細胞 RNA 測序技術(shù)，通過三個臨床組以及相應(yīng)的對照（n = 36）對膿毒癥患者（n = 29）的血液進行了分析。作者對所有受試者的外周血單核細胞（PBMC，106,545 個細胞）和樹突狀細胞（19,806 個細胞）進行了分析，并根據(jù)其基因表達譜的進行聚類，確定了 16 種免疫細胞狀態(tài)。作者確定了一種在膿毒癥患者中擴大的獨特的 CD14 + 單核細胞狀態(tài)，并利用來自不同疾病病因和多個地理位置（18 個隊列，n?=?1,467 個受試者）的公共轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)驗證了其在區(qū)分這些個體和對照組方面的能力。作者確定了一組用于分離和量化單核細胞狀態(tài)的表面標志物，并對其表觀和功能表型進行了表征，提出了一個從人骨髓中誘導(dǎo)單核細胞狀態(tài)的模型。這項研究證明了單細胞測序在發(fā)現(xiàn)疾病相關(guān)細胞學(xué)特征方面的作用，并為細菌性膿毒癥免疫失調(diào)的細胞學(xué)基礎(chǔ)提供了見解。
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